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万見
- PDB-3bsq: Crystal structure of human kallikrein 7 produced as a secretion p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bsq
タイトルCrystal structure of human kallikrein 7 produced as a secretion protein in E.coli
要素Kallikrein-7
キーワードHYDROLASE / serine proteases / kallikreins / LD6 / X-ray crystal structure / Glycoprotein / Secreted / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


stratum corneum chymotryptic enzyme / positive regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / cornified envelope / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / extracellular matrix disassembly / epidermis development / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / protein maturation ...stratum corneum chymotryptic enzyme / positive regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / cornified envelope / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / extracellular matrix disassembly / epidermis development / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / protein maturation / secretory granule / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fernandez, I.S. / Standker, L. / Magert, H.J. / Forssmann, W.G. / Gimenez-Gallego, G. / Romero, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of human epidermal kallikrein 7 (hK7) synthesized directly in its native state in E. coli: insights into the atomic basis of its inhibition by LEKTI domain 6 (LD6)
著者: Fernandez, I.S. / Standker, L. / Magert, H.J. / Forssmann, W.G. / Gimenez-Gallego, G. / Romero, A.
履歴
登録2007年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kallikrein-7
B: Kallikrein-7
C: Kallikrein-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,19419
ポリマ－74,6573
非ポリマー1,53716
水54030
1
A: Kallikrein-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4627
ポリマ－24,8861
非ポリマー5766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kallikrein-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4627
ポリマ－24,8861
非ポリマー5766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Kallikrein-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2705
ポリマ－24,8861
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.580, 113.580, 326.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Kallikrein-7 / hK7 / Stratum corneum chymotryptic enzyme / hSCCE / Serine protease 6


分子量: 24885.520 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK7 / プラスミド: pRHO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49862, stratum corneum chymotryptic enzyme
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→54.39 Å / Num. all: 19430 / Num. obs: 19524 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2816 / % possible all: 99.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NPM

1npm


解像度: 2.8→50 Å / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: TLS refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2915 1027 -RANDOM
Rwork0.2169 ---
all-20076 --
obs-19424 98.33 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.111 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5038 0 80 30 5148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.154
LS精密化 シェル最高解像度: 2.8 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2915 1027 -
Rwork0.2169 --
obs-20076 98.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4184-0.53660.17160.2889-0.030.2835-0.0214-0.0020.0315-0.0282-0.0163-0.02380.0778-0.02870.0330.17970.02910.00310.17320.00030.2011-41.235416.210829.4164
20.2702-0.07440.06160.3922-0.21380.44280.04880.0330.0392-0.07680.0202-0.05890.1571-0.1624-0.06680.22230.0047-0.01690.2204-0.01870.1866-22.5129-7.093943.5743
30.23560.1391-0.35740.5056-0.4110.3340.0211-0.0309-0.062-0.0716-0.0595-0.11190.08610.00630.03270.21280.02-0.02950.2457-0.00820.2064-29.4562-15.19117.019
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA16 - 2381 - 223
2X-RAY DIFFRACTION2BB16 - 2371 - 222
3X-RAY DIFFRACTION3CC16 - 2381 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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