PDB-6wme: Human Sun2-KASH3 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wme

タイトル

Human Sun2-KASH3 complex

要素

Nesprin-3
SUN domain-containing protein 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / LINC Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / lamin binding / establishment of protein localization to membrane / nuclear outer membrane / nuclear migration / nuclear inner membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Cruz, V.E. / Schwartz, T.U.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Analysis of Different LINC Complexes Reveals Distinct Binding Modes.
著者: Cruz, V.E. / Esra Demircioglu, F. / Schwartz, T.U.

履歴

登録	2020年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wme.cif.gz	130.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wme.ent.gz	84 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wme.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wme_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wme_full_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示
XML形式データ	6wme_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	6wme_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wme	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wmdC 6wmfC 6wmgC 4dxtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wmd-1 3cnv-d 5yfc-1 5yfd-2 4fi9-1 6vw8-2 4le5-d 6dt1-1 1jwa-1 6wmf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SUN domain-containing protein 2

B: Nesprin-3

ヘテロ分子

26 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SUN domain-containing protein 2

B: Nesprin-3

ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 2

B: Nesprin-3

ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 2

B: Nesprin-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
78 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.709, 78.709, 173.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22
Space group name Hall	P6c2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z #10: -y,-x,-z+1/2 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1035- HOH
2	1	A-1120- HOH

#1: タンパク質	SUN domain-containing protein 2 / Protein unc-84 homolog B / Rab5-interacting protein / Rab5IP / Sad1/unc-84 protein-like 2 分子量: 22349.930 Da / 分子数: 1 / 変異: Q534D, L574I, T683G, M684R, A685G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUN2, FRIGG, KIAA0668, RAB5IP, UNC84B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UH99
#2: タンパク質・ペプチド	Nesprin-3 / KASH domain-containing protein 3 / KASH3 / Nuclear envelope spectrin repeat protein 3 分子量: 3616.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYNE3, C14orf139, C14orf49, LINC00341 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZMZ3
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 16-18% PEG 3350, 0.2M magnesium chloride, 0.1M ammonium citrate, 0.1M BisTris/HCl, 0.01M nickel chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→63.43 Å / Num. obs: 47679 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / B_iso Wilson estimate: 27.71 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.014 / Net I/σ(I): 68.3
反射シェル	解像度: 1.53→1.57 Å / Num. unique obs: 2783 / CC_1/2: 0.753 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DXT

4dxt

解像度: 1.53→63.43 Å / SU ML: 0.1972 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.9494
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2449	1993	4.18 %
R_work	0.2094	45686	-
obs	0.2108	47679	98.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→63.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1661	0	1	244	1906

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	1789
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0562	2443
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0616	263
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	323
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	28.8479	247

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.57	0.408	115	0.394	2658	X-RAY DIFFRACTION	82.14
1.57-1.62	0.3236	141	0.3106	3225	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.62-1.66	0.2907	141	0.2737	3230	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.66-1.72	0.2652	142	0.2503	3251	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.72-1.78	0.2606	141	0.2298	3245	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.78-1.85	0.25	142	0.2224	3238	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.85-1.93	0.2553	143	0.2297	3278	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.93-2.03	0.2584	143	0.2103	3266	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.03-2.16	0.2491	143	0.2073	3288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.33	0.2231	144	0.2105	3300	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.33-2.56	0.2266	145	0.2098	3322	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.56-2.93	0.2464	146	0.207	3351	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.94-3.7	0.2568	148	0.1954	3399	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.7-63.43	0.2307	159	0.2012	3635	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.87026467702	0.315517576679	-0.973663358771	1.7044732475	-2.28945840666	9.69830212579	0.181558095297	0.1801130619	0.0473339840967	-0.0266673867126	0.121424222609	0.248492845669	-0.395794148823	-0.824064899968	-0.312026129598	0.214595264873	0.0257427053131	-0.00325753830598	0.233783248151	0.0114672220724	0.301925038456	33.5878376041	115.518484511	-8.57189651298
2	1.21937615654	-0.0531336490051	-0.0530337655228	0.696700182105	-0.0131182082662	1.33600230646	0.0379586543045	-0.179144366418	0.0315306842416	0.120636480854	0.0810136732823	-0.0977753816144	0.209184501924	0.0120093193716	-0.127508528014	0.263087637319	-0.028962419227	-0.0528544095768	0.193092857392	-0.00953445958027	0.239103879738	35.7407432274	100.59364586	23.1184985085
3	2.31100038512	0.354435927683	0.681637560239	1.29258414624	-0.165071831059	1.57608284175	0.0641917882968	0.0932515438157	-0.243614899388	-0.0622636104442	0.101147406384	0.0111885600899	0.51070461237	-0.169885832543	-0.144551299503	0.410023942527	-0.0635515819851	-0.0880779046292	0.240850893978	-0.0150782794341	0.287058674345	31.3413671999	92.8940374804	10.9125751465
4	2.13856973907	-0.630424056367	-0.729022049196	1.56670115645	0.533492935907	1.33406573809	0.124018236546	0.124282237613	-0.354849280582	-0.123467982826	-0.0113201741208	0.2254520342	0.390014401254	-0.318515819517	-0.137373924018	0.317953778386	-0.0924402279331	-0.0827909362329	0.241301449908	0.00515946259037	0.248878864528	27.3087936283	93.2036484632	13.3417542874
5	1.15769887885	-1.10369633789	-0.593307029084	1.1601878479	-0.31235732943	3.7438208119	-0.070925523671	0.459079921434	-0.632166331477	-0.444382219954	0.0282816433305	0.326590495482	0.747073991035	-0.446169909367	-0.0396923476648	0.28078028682	-0.0926898247913	-0.0190643020225	0.3772617476	-0.10667803912	0.445905234155	50.9587451175	122.039837968	36.1986441287
6	3.41202607528	-1.94286773314	-2.68029685569	8.840334005	4.30672429554	4.17628057452	0.122710445503	-0.0270177339275	0.0855975647393	0.202652860165	-0.0932842658928	-0.225373046256	-0.11819331566	0.729178252176	-0.122959551134	0.265289978788	-0.0203840142935	-0.0122541466734	0.323946798554	0.00439318787355	0.202436047406	51.2890694484	110.049157517	31.1160766675
7	3.35804633249	1.66334568304	2.16906697183	2.01544505131	2.13737019709	2.42036977596	0.328402316437	-0.0538615447686	-0.550960244617	0.128170590738	0.248926895905	-0.312203540793	0.486384451595	0.172665951887	-0.330480014175	0.277954454384	0.0778367661741	-0.0750078091975	0.275838387419	-0.0611625800983	0.304031657146	51.1243790633	98.2588524834	23.3109154623

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 522 through 540 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 541 through 618 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 619 through 678 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 679 through 716 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 960 through 963 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 964 through 968 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 969 through 975 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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