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- PDB-4le5: Structure of an Unusual S-adenosylmethionine synthetase from Camp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4le5
タイトルStructure of an Unusual S-adenosylmethionine synthetase from Campylobacter jejuni
要素S-adenosylmethionine synthetase
キーワードTRANSFERASE / Rossmann fold / ATP Binding
機能・相同性GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zano, S.P. / Pavlovsky, A.G. / Viola, R.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of an unusual S-adenosylmethionine synthetase from Campylobacter jejuni.
著者: Zano, S.P. / Pavlovsky, A.G. / Viola, R.E.
履歴
登録2013年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthetase
B: S-adenosylmethionine synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5132
ポリマ－94,5132
非ポリマー00
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area27770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.655, 113.075, 62.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine synthetase


分子量: 47256.469 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 6-403 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
株: RM1221 / 遺伝子: CJE1239, metK / プラスミド: pET101/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HU08, methionine adenosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.07 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM KCl, 2% ethylene glycol, 1 mM DTT and 12% polyethylene glycol 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月15日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 66855 / % possible obs: 80.8 % / Observed criterion σ(F): 1.59 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique all: 6000 / % possible all: 72.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RG9

1rg9


解像度: 1.7→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.503 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / σ(I): 2 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26341 3345 5 %RANDOM
Rwork0.22196 ---
obs0.22401 63467 80.3 %-
all-66855 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.418 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.46 Å20 Å22.03 Å2
2---3.46 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5969 0 0 191 6160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0196089
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.9618235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.766313471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8175772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.26725.361263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.629151071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7141520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2927
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021316
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.747 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 199 -
Rwork0.331 3553 -
obs--61.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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