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- PDB-6wkq: 1.98 Angstrom Resolution Crystal Structure of NSP16-NSP10 Heterod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wkq
タイトル1.98 Angstrom Resolution Crystal Structure of NSP16-NSP10 Heterodimer from SARS-CoV-2 in Complex with Sinefungin
要素
  • 2'-O-methyltransferase
  • Non-structural protein 10
キーワードVIRAL PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / nsp16 / nsp10 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / double membrane vesicle viral factory outer membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / SARS coronavirus main proteinase / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / lipid binding / DNA-templated transcription / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Vaccinia Virus protein VP39 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus ...Vaccinia Virus protein VP39 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / SINEFUNGIN / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Rosas-Lemus, M. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2020
タイトル: High-resolution structures of the SARS-CoV-2 2'- O -methyltransferase reveal strategies for structure-based inhibitor design.
著者: Rosas-Lemus, M. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Inniss, N.L. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_fragment / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.22021年1月27日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2'-O-methyltransferase
B: Non-structural protein 10
C: 2'-O-methyltransferase
D: Non-structural protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,21229
ポリマ－97,4054
非ポリマー1,80725
水11,458636
1
A: 2'-O-methyltransferase
B: Non-structural protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,53713
ポリマ－48,7032
非ポリマー83411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
2
C: 2'-O-methyltransferase
D: Non-structural protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,67516
ポリマ－48,7032
非ポリマー97214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.247, 166.247, 98.139
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 2'-O-methyltransferase / Non-structural protein 16 / nsp16 / SARS-CoV-2 NSP16


分子量: 33627.504 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 6799-7096 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): magic
参照: UniProt: P0DTD1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質 Non-structural protein 10 / nsp10 / Growth factor-like peptide / GFL / SARS-CoV-2 NSP10


分子量: 15075.190 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 4254-4392 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1

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非ポリマー , 5種, 661分子

#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.85 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5.3 mg/mL 1:1 nsp10/nsp16 in 0.15 M sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 7.5, 2 mM SAM, 1 mM TCEP, 5% glycerol against ComPAS screen F10 (0.4 M potassium/sodium tartrate), soak and cryoprotection: ...詳細: 5.3 mg/mL 1:1 nsp10/nsp16 in 0.15 M sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 7.5, 2 mM SAM, 1 mM TCEP, 5% glycerol against ComPAS screen F10 (0.4 M potassium/sodium tartrate), soak and cryoprotection: 5 mM SFG, 4 M sodium formate, 3 hrs

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年4月3日 / 詳細: BE
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→30 Å / Num. obs: 108598 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.078 / Rsym value: 0.071 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.784 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5383 / CC1/2: 0.724 / CC star: 0.916 / Rpim(I) all: 0.384 / Rrim(I) all: 0.874 / Rsym value: 0.784 / Χ2: 1.002 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6W75

6w75


解像度: 1.98→29.922 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 5.237 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1799 5357 4.941 %
Rwork0.1623 --
all0.163 --
obs-108429 99.96 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.118 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.283 Å20.141 Å20 Å2
2--0.283 Å20 Å2
3----0.917 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→29.922 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6408 0 107 636 7151
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0136842
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.6519294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3471.58614422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.4635868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.64123.946299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.057151136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg1.441514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.6491521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2905
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0550.027724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0510.021385
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.21426
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1750.25921
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.23356
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0960.22446
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2591
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.010.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1210.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1370.240
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2230.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1770.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6032.5063430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6032.5073431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6563.744312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6553.7414313
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.342.7853412
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3272.7663383
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.464.0514982
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.464.0524983
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.90431.158063
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.73530.3537894
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.98-2.0310.2543990.25175610.25179600.8630.8581000.215
2.031-2.0870.2584090.22173070.22377160.8750.8911000.186
2.087-2.1470.2384100.20671070.20875170.910.9161000.171
2.147-2.2130.2113290.18369670.18472960.9320.9381000.152
2.213-2.2850.1813260.17167610.17170870.9490.9481000.141
2.285-2.3640.1923060.16165590.16268650.9490.9571000.137
2.364-2.4530.1983410.16462930.16666340.9470.9551000.139
2.453-2.5520.1813200.1660510.16163710.9530.9611000.139
2.552-2.6650.192930.16358340.16461270.9560.9621000.146
2.665-2.7940.1873670.16755300.16858970.9570.9611000.151
2.794-2.9440.1892360.17653320.17755680.9540.9531000.165
2.944-3.120.2172430.18350540.18452970.9390.9521000.176
3.12-3.3330.1852220.16547810.16650030.960.9631000.165
3.333-3.5970.1542330.14744060.14746390.9730.9731000.152
3.597-3.9340.1432020.12941090.12943110.9780.9791000.137
3.934-4.3890.1442080.12737130.12839210.9760.9791000.141
4.389-5.050.1221270.12933340.12934610.9830.981000.149
5.05-6.1410.1781780.16827920.16929700.9710.9731000.188
6.141-8.5080.191410.16922040.17123450.9660.9681000.194
8.508-29.9220.189670.18513780.18514460.9580.96599.93080.23
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA6800 - 6827
2X-RAY DIFFRACTION2ALLA6828 - 6931
3X-RAY DIFFRACTION3ALLA6932 - 6948
4X-RAY DIFFRACTION4ALLA6949 - 7059
5X-RAY DIFFRACTION5ALLA7060 - 7096
6X-RAY DIFFRACTION6ALLB4271 - 4289
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10X-RAY DIFFRACTION10ALLC6799 - 6827
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16X-RAY DIFFRACTION16ALLD4290 - 4328
17X-RAY DIFFRACTION17ALLD4329 - 4348
18X-RAY DIFFRACTION18ALLD4349 - 4386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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