ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.18rc5_3822精密化 | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3F2Q 解像度: 2.7→42.14 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.19 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2576 | 727 | 4.67 % |
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Rwork | 0.2206 | 14853 | - |
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obs | 0.2222 | 15580 | 97.19 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 261.26 Å2 / Biso mean: 118.0549 Å2 / Biso min: 66.8 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→42.14 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 2382 | 6 | 2 | 2390 |
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Biso mean | - | - | 90.13 | 76.52 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 111 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 2671 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.385 | 4165 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d16.658 | 1329 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.096 | 555 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.008 | 111 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.7-2.8 | 0.5857 | 60 | 0.4732 | 1249 | 1309 | 82 | 2.8-2.91 | 0.4808 | 73 | 0.4646 | 1471 | 1544 | 100 | 2.91-3.04 | 0.3635 | 90 | 0.3802 | 1500 | 1590 | 99 | 3.04-3.2 | 0.245 | 68 | 0.2759 | 1479 | 1547 | 100 | 3.2-3.4 | 0.2559 | 59 | 0.2627 | 1491 | 1550 | 99 | 3.4-3.66 | 0.2527 | 83 | 0.2279 | 1502 | 1585 | 99 | 3.66-4.03 | 0.3014 | 75 | 0.2204 | 1497 | 1572 | 99 | 4.03-4.62 | 0.1723 | 79 | 0.1926 | 1509 | 1588 | 99 | 4.62-5.81 | 0.1989 | 77 | 0.182 | 1530 | 1607 | 99 | 5.81-42.14 | 0.3002 | 63 | 0.2035 | 1625 | 1688 | 96 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.14 Å / Origin y: -14.882 Å / Origin z: -30.679 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 1.0823 Å2 | 0.0257 Å2 | 0.1485 Å2 | - | 0.9913 Å2 | 0.1038 Å2 | - | - | 0.9917 Å2 |
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L | 2.9108 °2 | 0.9563 °2 | -0.6492 °2 | - | 2.8371 °2 | -0.2562 °2 | - | - | 2.072 °2 |
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S | 0.2585 Å ° | -0.8568 Å ° | 0.4733 Å ° | 0.7003 Å ° | -0.01 Å ° | 0.5371 Å ° | -0.3282 Å ° | -0.0992 Å ° | 0.0001 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: ( CHAIN X AND RESID 1:111 ) |
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