PDB-3f4g: Crystal structure of the FMN riboswitch bound to riboflavin.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f4g

タイトル

Crystal structure of the FMN riboswitch bound to riboflavin.

要素

(FMN riboswitch) x 2

キーワード

RNA / riboflavin / FMN / riboswitch / transcription

機能・相同性

: / RIBOFLAVIN / : / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.01 Å

データ登録者

Serganov, A.A. / Huang, L.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Coenzyme recognition and gene regulation by a flavin mononucleotide riboswitch.
著者: Serganov, A. / Huang, L. / Patel, D.J.

履歴

登録	2008年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmCIF形式	3f4g.cif.gz	71.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f4g.ent.gz	52.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3f4g_validation.pdf.gz	714 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3f4g_full_validation.pdf.gz	715.6 KB	表示
XML形式データ	3f4g_validation.xml.gz	6.2 KB	表示
CIF形式データ	3f4g_validation.cif.gz	7.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/3f4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/3f4g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3f2qC 3f2tC 3f2wC 3f2xC 3f2yC 3f30C 3f4eSC 3f4hC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5c45-d 3f2y-d 3f2w-d 6bfb-d 3f2q-d 3f2x-d 6dn1-d 3f4e-d 3f2t-d 6dn2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (2)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
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類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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伸長因子 (Elongation Factors)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

X: FMN riboswitch

Y: FMN riboswitch

ヘテロ分子

36.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.203, 71.203, 137.711
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: RNA鎖	FMN riboswitch 分子量: 17455.389 Da / 分子数: 1 / 変異: U52C,A53U / 由来タイプ: 合成詳細: In vitro transcribed RNA from the Fusobacterium nucleatum impX gene 参照: GenBank: 20095250
#2: RNA鎖	FMN riboswitch 分子量: 18092.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: In vitro transcribed RNA from the Fusobacterium nucleatum impX gene 参照: GenBank: 20095250
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン分子量: 376.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀N₄O₆

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.61 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.4 10% PEG 4000 0.2 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	Tris-HCL	1	1
2	PEG4000	1	1
3	MgCl2	1	1
4	Tris-HCL	1	2
5	PEG4000	1	2
6	MgCl2	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→20 Å / Num. all: 8473 / Num. obs: 8439 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 58.5
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 15.4 % / R_merge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 829 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3F4E

3f4e

解像度: 3.01→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 45.153 / SU ML: 0.378 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.447 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26325	384	4.7 %	RANDOM
R_work	0.20634	-	-	-
all	0.20876	8069	-	-
obs	0.20876	7850	97.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.201 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.65 Å²	1.32 Å²	0 Å²
2-	-	2.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.97 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.388 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.01→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2340	44	0	2384

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	2648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.023	3	4125
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.17	0.2	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.279	0.2	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.029	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.164	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.153	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.655	3	2825
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.049	4.5	4125

LS精密化シェル

解像度: 3.01→3.081 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	24	-
R_work	0.312	576	-
obs	-	600	97.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	32.3046	5.7648	-14.4338	16.0774	-2.0656	18.9843	-1.4117	-1.2914	-2.7606	-0.2664	0.1914	1.4276	0.7683	-1.3123	1.2203	0.2081	0.2276	-0.4678	0.8068	0.1562	1.1097	2.654	27.206	14.692
2	2.8697	-0.2991	0.6668	3.1409	0.6927	6.2017	0.2658	0.0586	-0.1548	0.1464	-0.1445	-0.086	-0.0821	0.4663	-0.1213	-0.2716	-0.0046	0.0035	-0.0849	-0.0714	0.2219	44.768	42.307	9.278
3	5.1475	0.4561	2.0711	2.5967	0.1158	3.9848	0.0344	-0.4018	-0.2238	0.8348	0.1874	0.1724	0.2351	-0.738	-0.2218	-0.1838	0.0134	0.0708	-0.1313	0.0363	0.2175	17.327	47.13	17.619
4	11.9786	-1.93	3.5464	15.822	8.549	29.0154	-0.5877	-1.2019	0.2264	1.9411	0.0104	0.9701	-1.1164	1.0052	0.5772	0.6586	-0.3135	-0.0431	0.174	0.4001	0.5922	22.691	33.662	35.553
5	7.8377	-1.9202	2.7882	5.0463	-0.6973	3.2746	-0.4273	-0.3313	0.6158	0.6532	0.3633	0.2219	-0.7959	-0.2004	0.064	-0.0821	0.0437	0.0887	-0.1599	-0.0525	0.2069	22.265	59.903	14.91
6	7.568	-0.6485	-0.195	2.2076	0.1851	1.7599	0.3292	0.0827	-1.9886	0.0607	-0.0725	0.5301	0.3089	-0.5824	-0.2567	-0.1529	-0.047	-0.0472	0.0064	0.0641	0.6003	23.839	30.857	16.104

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	X	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	X	10 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	X	31 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	Y	57 - 60
5	X-RAY DIFFRACTION	4	X	49 - 54
6	X-RAY DIFFRACTION	5	Y	61 - 84
7	X-RAY DIFFRACTION	6	Y	85 - 112

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