[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3f30: Crystal structure of the FMN riboswitch bound to FMN, cobalt hexa... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3f30 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the FMN riboswitch bound to FMN, cobalt hexammine soak. | ||||||
Components | FMN riboswitch | ||||||
Keywords | RNA / FMN / riboswitch / transcription / cobalt hexamine | ||||||
Function / homology | FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / COBALT HEXAMMINE(III) / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) Function and homology information | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.15 Å | ||||||
Authors | Serganov, A.A. / Huang, L. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2009 Title: Coenzyme recognition and gene regulation by a flavin mononucleotide riboswitch. Authors: Serganov, A. / Huang, L. / Patel, D.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3f30.cif.gz | 74.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3f30.ent.gz | 53.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3f30.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/3f30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/3f30 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 3f2qSC 3f2tC 3f2wC 3f2xC 3f2yC 3f4eC 3f4gC 3f4hC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: RNA chain | Mass: 36451.418 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: In vitro transcribed RNA from Fusobacterium nucleatum impX gene. References: GenBank: 20095250 | ||
---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-FMN / | ||
#3: Chemical | ChemComp-K / | ||
#4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-NCO / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 MES-Na pH 6.5 10% PEG 4000 0.1 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.606041 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 18, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.606041 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.15→20 Å / Num. all: 7467 / Num. obs: 7437 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 39.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.15→3.26 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 736 / % possible all: 96.9 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3F2Q Resolution: 3.15→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 43.621 / SU ML: 0.368 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.444 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 96.282 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.368 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.15→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 3.15→3.231 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|