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- PDB-2yif: Crystal structure of a F. nucleatum FMN riboswitch - Free state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yif
タイトルCrystal structure of a F. nucleatum FMN riboswitch - Free state
要素(FMN RIBOSWITCH) x 2
キーワードRNA / TRANSLATION
機能・相同性: / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種FUSOBACTERIUM NUCLEATUM SUBSP. NUCLEATUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.298 Å
データ登録者Vicens, Q. / Mondragon, E. / Batey, R.T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Molecular Sensing by the Aptamer Domain of the Fmn Riboswitch: A General Model for Ligand Binding by Conformational Selection.
著者: Vicens, Q. / Mondragon, E. / Batey, R.T.
履歴
登録2011年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: FMN RIBOSWITCH
Z: FMN RIBOSWITCH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,60616
ポリマ－36,2362
非ポリマー37014
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area16680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.472, 73.472, 135.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: RNA鎖 FMN RIBOSWITCH


分子量: 17575.324 Da / 分子数: 1 / 断片: APTAMER DOMAIN, RESIDUES 2495-2544 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) FUSOBACTERIUM NUCLEATUM SUBSP. NUCLEATUM (バクテリア)
参照: GenBank: 20095250
#2: RNA鎖 FMN RIBOSWITCH


分子量: 18661.000 Da / 分子数: 1 / 断片: APTAMER DOMAIN, RESIDUES 2550-2601 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) FUSOBACTERIUM NUCLEATUM SUBSP. NUCLEATUM (バクテリア)
参照: GenBank: 20095250
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.3 % / 解説: NONE
結晶化詳細: RNA WAS CRYSTALLIZED FROM 11% PEG-4000, 0.32 M MGCL2, AND 0.01 M TRIS-CL, PH 8.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→40 Å / Num. obs: 6627 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 113.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F2Q

3f2q


解像度: 3.298→29.844 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.19 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: U54 AND PHOSPHATE GROUPS OF THE GTP IN CHAINS X, Z ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2572 356 5.6 %
Rwork0.2058 --
obs0.2087 6383 94.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.233 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 132.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4284 Å20 Å20 Å2
2---5.4284 Å20 Å2
3---9.2468 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.298→29.844 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2374 14 26 2414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5174201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8981350
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.036114
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.298-4.15340.29841690.26372799X-RAY DIFFRACTION90
4.1534-29.84550.24421870.18873228X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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