[日本語] English
万見
- PDB-2yie: Crystal structure of a F. nucleatum FMN riboswitch bound to FMN -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yie
タイトルCrystal structure of a F. nucleatum FMN riboswitch bound to FMN
要素(FMN RIBOSWITCH) x 2
キーワードRNA
機能・相同性FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種FUSOBACTERIUM NUCLEATUM SUBSP. NUCLEATUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.941 Å
データ登録者Vicens, Q. / Mondragon, E. / Batey, R.T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Molecular Sensing by the Aptamer Domain of the Fmn Riboswitch: A General Model for Ligand Binding by Conformational Selection
著者: Vicens, Q. / Mondragon, E. / Batey, R.T.
履歴
登録2011年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
X: FMN RIBOSWITCH
Z: FMN RIBOSWITCH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,11119
ポリマ－36,2362
非ポリマー87517
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9541 Å2
ΔGint-87.4 kcal/mol
Surface area16104 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.679, 73.679, 139.251
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 XZ

#1: RNA鎖 FMN RIBOSWITCH


分子量: 17575.324 Da / 分子数: 1 / 断片: APTAMER DOMAIN, RESIDUES 2495-2544 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 詳細: APTAMER DOMAIN BOUND TO FLAVIN MONONUCLEOTIDE
由来: (合成) FUSOBACTERIUM NUCLEATUM SUBSP. NUCLEATUM (バクテリア)
参照: GenBank: 20095250
#2: RNA鎖 FMN RIBOSWITCH


分子量: 18661.000 Da / 分子数: 1 / 断片: APTAMER DOMAIN, RESIDUES 2550-2601 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 詳細: APTAMER DOMAIN BOUND TO FLAVIN MONONUCLEOTIDE
由来: (合成) FUSOBACTERIUM NUCLEATUM SUBSP. NUCLEATUM (バクテリア)
参照: GenBank: 20095250

-
非ポリマー , 4種, 46分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN X, A 2542 TO U ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN X, G 2543 TO C ENGINEERED ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN X, A 2542 TO U ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN X, G 2543 TO C ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN X, U 2544 TO C ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN Z, C 2550 TO G ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN Z, U 2551 TO A

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
解説: DATA WAS COLLECTED BY ANNIE HEROUX AS PART OF THE MACROMOLECULAR CRYSTALLOGRAPHY RESEARCH RESOURCE AT BROOKHAVEN NSLS
結晶化詳細: RNA WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG-MONOMETHYL 550 ETHER, 0.1 M MGCL2, 0.05 M NA-HEPES PH 7.0, 1 MM FMN

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→40 Å / Num. obs: 17834 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 80.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F2Q

3f2q


解像度: 2.941→26.292 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.5 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE GAMMA PHOSPHATE OF GTP IS DISORDERED ON CHAINS X AND Z
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 507 5.3 %
Rwork0.2041 --
obs0.2056 9559 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.744 Å2 / ksol: 0.247 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 96.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.6226 Å20 Å20 Å2
2---6.6226 Å20 Å2
3---13.2451 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.941→26.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2394 47 29 2470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6124261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.2231379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005112
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9415-3.36640.32161650.26392919X-RAY DIFFRACTION97
3.3664-4.23840.22041630.20053006X-RAY DIFFRACTION99
4.2384-26.29330.21621790.19113127X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24941.1174-0.01518.319-1.47550.25620.15551.94020.7914-0.440.30061.92850.2892.2825-0.3170.7305-0.12470.29522.3537-0.37351.51536.8853-62.881-58.7253
20.9540.22470.06320.84020.2470.8198-0.18550.2348-0.2243-0.01930.21020.00480.7215-0.3192-0.0660.7719-0.0698-0.05540.7859-0.01580.553427.305-58.91-71.5769
33.7990.5282-0.50771.2131.03562.57290.065-0.75871.4197-0.0356-0.12160.495-0.41350.24920.00350.3626-0.05850.07990.3714-0.10830.461228.935-44.7541-80.8539
41.8644-1.0002-0.03411.2484-1.23050.96810.0874-0.07090.1701-0.24820.03790.05020.41920.1422-0.0150.7615-0.00360.02740.67620.01370.625818.5514-76.1059-75.6039
50.20930.15470.50021.82120.4870.79060.1665-0.2261-0.7776-0.07-0.39981.25330.225-0.98750.02730.69220.1598-0.02141.02120.07791.3457-0.6527-65.4455-77.1439
66.07765.32350.16295.36551.30982.13740.40440.06910.93321.5368-1.11051.89590.27760.7149-0.08451.0770.3964-0.11890.6860.00821.3655-13.1103-46.4331-81.9627
71.9703-2.876-1.32835.13773.26572.5708-1.19270.4362-0.15831.297-0.1911.3605-0.19840.09590.62832.440.2883-0.19850.96250.12941.4851-11.8801-48.8534-75.1036
82.19322.1280.18822.26520.01760.15011.0522-0.6011-0.47990.3017-0.6791-0.41020.0693-0.197-0.06140.62660.1358-0.29541.24540.16381.2216-5.4727-61.0906-84.3032
90.5725-0.2901-0.28450.92940.75360.7896-0.1864-0.03-0.06530.32390.03770.02250.52850.27470.09160.75290.1533-0.05590.6518-0.00810.61622.8874-80.1053-86.2377
101.0551-0.94150.14430.3412-0.03660.4629-0.03130.30740.07620.24940.230.0142-0.01620.0313-0.05420.51350.0952-0.08190.4858-0.07170.484524.9118-80.7683-82.2455
111.86360.433-1.40780.40780.16181.80020.0629-0.20220.0868-0.04230.1609-0.092-0.49230.0467-0.14120.6710.05250.03060.66370.00370.713.7694-54.3297-74.3904
123.11160.6692-2.22740.6152-0.35021.62840.639-1.4264-0.67530.17150.47210.4956-0.2259-0.97460.440.5309-0.0750.3221.35530.27450.6862.0883-70.7748-57.4857
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN Z AND RESID 57:61)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN Z AND RESID 62:66)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN Z AND RESID 67:78)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN Z AND RESID 79:98)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN Z AND RESID 99:106)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN Z AND RESID 107:113)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN X AND RESID 1:5)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN X AND RESID 6:9)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN X AND RESID 10:19)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN X AND RESID 20:32)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN X AND RESID 33:48)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN X AND RESID 49:54)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る