+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3f4h | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the FMN riboswitch bound to roseoflavin | ||||||
![]() | (FMN riboswitch) x 2 | ||||||
![]() | RNA / Roseoflavin / FMN / riboswitch / transcription | ||||||
Function / homology | : / Chem-RS3 / : / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Serganov, A.A. / Huang, L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Coenzyme recognition and gene regulation by a flavin mononucleotide riboswitch. Authors: Serganov, A. / Huang, L. / Patel, D.J. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 71.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 52.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 838.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 841.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 8.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3f2qC ![]() 3f2tC ![]() 3f2wC ![]() 3f2xC ![]() 3f2yC ![]() 3f30C ![]() 3f4eSC ![]() 3f4gC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-RNA chain , 2 types, 2 molecules XY
#1: RNA chain | Mass: 17455.389 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: U52C,A53U / Source method: obtained synthetically Details: In vitro transcribed RNA from the Fusobacterium nucleatum impX gene References: GenBank: 20095250 |
---|---|
#2: RNA chain | Mass: 18092.771 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: In vitro transcribed RNA from the Fusobacterium nucleatum impX gene References: GenBank: 20095250 |
-Non-polymers , 4 types, 15 molecules ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/RS3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/RS3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-RS3 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.33 % | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.4 Details: 0.1 M Tris-HCl 8% PEG4000 0.2 M MgCl2, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 18, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.08 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→20 Å / Num. all: 8679 / Num. obs: 8332 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 56 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.11 Å / Redundancy: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 819 / % possible all: 98.5 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3F4E Resolution: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 44.683 / SU ML: 0.371 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.385 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 97.892 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.371 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|