[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6wjs: Apo structure of the FMN riboswitch aptamer domain in the presenc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wjs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Apo structure of the FMN riboswitch aptamer domain in the presence of phosphate | ||||||
Components | RNA (112-MER) | ||||||
Keywords | RNA / riboswitch / RNA conformation / apo | ||||||
Function / homology | PHOSPHATE ION / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) Function and homology information | ||||||
Biological species | Fusobacterium nucleatum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.8 Å | ||||||
Authors | Wilt, H.M. / Wang, Y.-X. / Stagno, J.R. | ||||||
Citation | Journal: J Struct Biol X / Year: 2020 Title: FMN riboswitch aptamer symmetry facilitates conformational switching through mutually exclusive coaxial stacking configurations. Authors: Wilt, H.M. / Yu, P. / Tan, K. / Wang, Y.X. / Stagno, J.R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wjs.cif.gz | 131.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6wjs.ent.gz | 103.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wjs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wjs_validation.pdf.gz | 408.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6wjs_full_validation.pdf.gz | 419.5 KB | Display | |
Data in XML | 6wjs_validation.xml.gz | 6.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6wjs_validation.cif.gz | 8.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wjs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wjs | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6wjrC 3f2qS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: RNA chain | Mass: 36229.492 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Fusobacterium nucleatum (bacteria) / References: GenBank: 929732263 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-PO4 / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.81 Å3/Da / Density % sol: 67.7 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: 0.1 M SPG (succinic acid, sodium phosphate monobasic monohydrate, glycine; 2:7:7 ratio), pH 9.0, and 25 % PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 1.60747 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 17, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.60747 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.8→41.79 Å / Num. obs: 5669 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 3.09 % / Biso Wilson estimate: 133.182 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rrim(I) all: 0.177 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 5.16 / Num. measured all: 17520 / Scaling rejects: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3F2Q Resolution: 3.8→41.79 Å / SU ML: 0.77 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.93
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 239.41 Å2 / Biso mean: 131.2073 Å2 / Biso min: 80.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.8→41.79 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 11.504 Å / Origin y: -15.607 Å / Origin z: -30.141 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: ( CHAIN X AND RESID 1:109 ) |