PDB-6wj6: Cryo-EM structure of apo-Photosystem II from Synechocystis sp. PC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wj6

タイトル

Cryo-EM structure of apo-Photosystem II from Synechocystis sp. PCC 6803

要素

(Cytochrome b559 subunit ...) x 2
(Photosystem II ...) x 11

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Photosystem / oxidoreductase / water-splitting / photoactivation

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / oxygen evolving activity / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding ...
類似検索 - 分子機能

Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Gisriel, C.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Joule / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM Structure of Monomeric Photosystem II from Synechocystis sp. PCC 6803 Lacking the Water-Oxidation Complex
著者: Gisriel, C.J. / Zhou, K. / Huang, H. / Debus, R.J. / Xiong, Y. / Brudvig, G.W.

履歴

登録	2020年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Non-polymer description カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_chiral Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-21690 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wj6.cif.gz	448.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wj6.ent.gz	367.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wj6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	21690MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	21690 2xja-d 6xnz-d 7alp-d 7nho-d 6nd1-d 6bzv-d 6lu1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (53) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (50) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (9) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (3) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (53)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (50)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (9)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (3)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Photosystem II protein D1 2

B: Photosystem II CP47 reaction center protein

C: Photosystem II CP43 reaction center protein

D: Photosystem II D2 protein

E: Cytochrome b559 subunit alpha

F: Cytochrome b559 subunit beta

H: Photosystem II reaction center protein H

I: Photosystem II reaction center protein I

K: Photosystem II reaction center protein K

L: Photosystem II reaction center protein L

M: Photosystem II reaction center protein M

T: Photosystem II reaction center protein T

X: Photosystem II reaction center X protein

ヘテロ分子

287 kDa, 13 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

-
Photosystem II ... , 11種, 11分子 ABCDHIKLMTX

#1: タンパク質	Photosystem II protein D1 2 / PSII D1 protein 2 / Photosystem II Q(B) protein 2 分子量: 39744.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P16033, photosystem II
#2: タンパク質	Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47 分子量: 55954.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P05429
#3: タンパク質	Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43 分子量: 50330.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P09193
#4: タンパク質	Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein 分子量: 39519.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P09192, photosystem II
#7: タンパク質	Photosystem II reaction center protein H / PSII-H / 6 kDa phosphoprotein 分子量: 7120.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P14835
#8: タンパク質・ペプチド	Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein 分子量: 4310.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q54697
#9: タンパク質・ペプチド	Photosystem II reaction center protein K / PSII-K 分子量: 5114.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P15819
#10: タンパク質・ペプチド	Photosystem II reaction center protein L / PSII-L 分子量: 4476.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q55354
#11: タンパク質・ペプチド	Photosystem II reaction center protein M / PSII-M 分子量: 3882.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P72701
#12: タンパク質・ペプチド	Photosystem II reaction center protein T / PSII-T 分子量: 3543.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P74787
#13: タンパク質・ペプチド	Photosystem II reaction center X protein 分子量: 4189.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P72575

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 2分子 EF

#5: タンパク質	Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V 分子量: 9454.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P09190
#6: タンパク質・ペプチド	Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI 分子量: 4935.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P09191

-
糖 , 2種, 4分子

#21: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#22: 糖	ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₁H₉₆O₁₅

-
非ポリマー , 13種, 267分子

#14: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#15: 化合物	... ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A 分子量: 893.489 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物	ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 13²α-(メトキシカルボニル)-3¹,3²-ジデヒ(以下略) 分子量: 871.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₄N₄O₅
#17: 化合物	ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン分子量: 536.873 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₆
#18: 化合物	ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル分子量: 795.116 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₇₈O₁₂S
#19: 化合物	ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9 分子量: 749.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₃H₈₀O₂
#20: 化合物	ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE 分子量: 787.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₅H₈₆O₁₀
#23: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#24: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#25: 化合物	ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル分子量: 722.970 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₁₀P / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#27: 化合物	ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₃S
#28: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: apo-Photosystem II / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#13 / 由来: NATURAL
分子量	値: 0.267067 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa
緩衝液	pH: 7 詳細: 10 mM HEPES pH 7.0 100 mM NaCl 0.03% beta-dodecylmaltoside
試料	濃度: 0.025 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse single particles
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	電子線照射量: 48.07 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア	名称: RELION / バージョン: 3.1 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正	タイプ: NONE
対称性	点対称性: C₁ (非対称)
3次元再構成	解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212640 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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