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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wj6 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of apo-Photosystem II from Synechocystis sp. PCC 6803 | |||||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem / oxidoreductase / water-splitting / photoactivation | |||||||||
機能・相同性 | ![]() plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / oxygen evolving activity / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding ...plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / oxygen evolving activity / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å | |||||||||
![]() | Gisriel, C.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Structure of Monomeric Photosystem II from Synechocystis sp. PCC 6803 Lacking the Water-Oxidation Complex 著者: Gisriel, C.J. / Zhou, K. / Huang, H. / Debus, R.J. / Xiong, Y. / Brudvig, G.W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 448.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 367.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Photosystem II ... , 11種, 11分子 ABCDHIKLMTX
#1: タンパク質 | 分子量: 39744.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P16033, photosystem II |
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#2: タンパク質 | 分子量: 55954.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P05429 |
#3: タンパク質 | 分子量: 50330.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P09193 |
#4: タンパク質 | 分子量: 39519.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P09192, photosystem II |
#7: タンパク質 | 分子量: 7120.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P14835 |
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4310.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q54697 |
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5114.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P15819 |
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4476.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q55354 |
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3882.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P72701 |
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3543.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P74787 |
#13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4189.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P72575 |
-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 2分子 EF
#5: タンパク質 | 分子量: 9454.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P09190 |
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#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4935.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P09191 |
-糖 , 2種, 4分子 ![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
#21: 糖 | #22: 糖 | |
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-非ポリマー , 13種, 267分子 ![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
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![](data/chem/img/PL9.gif)
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![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/FME.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
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![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/FME.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#14: 化合物 | ChemComp-FE2 / | ||||||||||||||||||||||
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#15: 化合物 | ChemComp-CLA / #16: 化合物 | #17: 化合物 | ChemComp-BCR / #18: 化合物 | ChemComp-SQD / #19: 化合物 | #20: 化合物 | #23: 化合物 | ChemComp-CL / | #24: 化合物 | ChemComp-BCT / | #25: 化合物 | ChemComp-LHG / #26: 化合物 | ChemComp-HEM / | #27: 化合物 | #28: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: apo-Photosystem II / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#13 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.267067 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa |
緩衝液 | pH: 7 詳細: 10 mM HEPES pH 7.0 100 mM NaCl 0.03% beta-dodecylmaltoside |
試料 | 濃度: 0.025 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse single particles |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 48.07 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.1 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212640 / 対称性のタイプ: POINT |