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万見
- PDB-6wh1: Structure of the complex of human DNA ligase III-alpha and XRCC1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wh1
タイトルStructure of the complex of human DNA ligase III-alpha and XRCC1 BRCT domains
要素
  • DNA ligase 3 alpha
  • X-ray repair cross complementing protein 1 variant
キーワードDNA BINDING PROTEIN/LIGASE / DNA ligase complex / DNA repair / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-LIGASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase III-XRCC1 complex / negative regulation of mitochondrial DNA replication / 3' overhang single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / oxidized DNA binding / positive regulation of DNA ligase activity / telomeric DNA-containing double minutes formation / ERCC4-ERCC1 complex / negative regulation of protection from non-homologous end joining at telomere / ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of protein ADP-ribosylation ...DNA ligase III-XRCC1 complex / negative regulation of mitochondrial DNA replication / 3' overhang single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / oxidized DNA binding / positive regulation of DNA ligase activity / telomeric DNA-containing double minutes formation / ERCC4-ERCC1 complex / negative regulation of protection from non-homologous end joining at telomere / ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of protein ADP-ribosylation / base-excision repair, DNA ligation / DNA ligase activity / poly-ADP-D-ribose binding / DNA ligase (ATP) / positive regulation of single strand break repair / DNA ligase (ATP) activity / voluntary musculoskeletal movement / cerebellum morphogenesis / single strand break repair / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / DNA ligation / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / lagging strand elongation / response to hydroperoxide / mitochondrial DNA repair / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / DNA biosynthetic process / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / site of DNA damage / mitochondrion organization / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / base-excision repair, gap-filling / : / hippocampus development / double-strand break repair via homologous recombination / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / double-strand break repair / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / cell cycle / cell division / chromatin / nucleolus / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA ligase 3, BRCT domain / DNA ligase 3 BRCT domain / DNA-repair protein Xrcc1, N-terminal / XRCC1, first (central) BRCT domain / XRCC1 N terminal domain / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / ATP-dependent DNA ligase signature 2. ...DNA ligase 3, BRCT domain / DNA ligase 3 BRCT domain / DNA-repair protein Xrcc1, N-terminal / XRCC1, first (central) BRCT domain / XRCC1 N terminal domain / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / ATP-dependent DNA ligase family profile. / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type signature. / Zinc finger, PARP-type superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Zinc finger, PARP-type / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein XRCC1 / DNA ligase 3 / X-ray repair cross complementing protein 1 variant
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pourfarjam, Y. / Ellenberger, T. / Tainer, J.A. / Tomkinson, A.E. / Kim, I.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Cancer Society133405-RSG-19-200-01-DMC 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: An atypical BRCT-BRCT interaction with the XRCC1 scaffold protein compacts human DNA Ligase IIIα within a flexible DNA repair complex.
著者: Michal Hammel / Ishtiaque Rashid / Aleksandr Sverzhinsky / Yasin Pourfarjam / Miaw-Sheue Tsai / Tom Ellenberger / John M Pascal / In-Kwon Kim / John A Tainer / Alan E Tomkinson /
要旨: The XRCC1-DNA ligase IIIα complex (XL) is critical for DNA single-strand break repair, a key target for PARP inhibitors in cancer cells deficient in homologous recombination. Here, we combined ...The XRCC1-DNA ligase IIIα complex (XL) is critical for DNA single-strand break repair, a key target for PARP inhibitors in cancer cells deficient in homologous recombination. Here, we combined biophysical approaches to gain insights into the shape and conformational flexibility of the XL as well as XRCC1 and DNA ligase IIIα (LigIIIα) alone. Structurally-guided mutational analyses based on the crystal structure of the human BRCT-BRCT heterodimer identified the network of salt bridges that together with the N-terminal extension of the XRCC1 C-terminal BRCT domain constitute the XL molecular interface. Coupling size exclusion chromatography with small angle X-ray scattering and multiangle light scattering (SEC-SAXS-MALS), we determined that the XL is more compact than either XRCC1 or LigIIIα, both of which form transient homodimers and are highly disordered. The reduced disorder and flexibility allowed us to build models of XL particles visualized by negative stain electron microscopy that predict close spatial organization between the LigIIIα catalytic core and both BRCT domains of XRCC1. Together our results identify an atypical BRCT-BRCT interaction as the stable nucleating core of the XL that links the flexible nick sensing and catalytic domains of LigIIIα to other protein partners of the flexible XRCC1 scaffold.
履歴
登録2020年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: X-ray repair cross complementing protein 1 variant
B: DNA ligase 3 alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3832
ポリマ－20,3832
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.073, 88.073, 43.039
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 X-ray repair cross complementing protein 1 variant / XRCC1


分子量: 11419.856 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal BRCT domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59HH7, UniProt: P18887*PLUS
#2: タンパク質 DNA ligase 3 alpha / DNA ligase III alpha / Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP] 3 alpha


分子量: 8963.312 Da / 分子数: 1 / 断片: BRCT domain / Mutation: C922S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49916, DNA ligase (ATP)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 8-10% isopropanol and 0.1M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.12712 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→37.483 Å / Num. obs: 6860 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Num. unique obs: 376 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→37.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 23.399 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.597 / ESU R Free: 0.308
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 741 9.7 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.226 6860 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.72 Å2 / Biso mean: 67.21 Å2 / Biso min: 25.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20.25 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→37.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1374 0 0 37 1411
Biso mean---64.31 -
残基数----172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00531417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69341932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0459205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8607830
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 51 -
Rwork0.284 493 -
all-544 -
obs--97.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.5578-1.33842.04133.1687-0.29095.81590.10650.1693-0.16130.0428-0.0038-0.00040.34660.2311-0.10270.05160.0171-0.00860.06390.02130.019663.139492.90638.9324
29.09350.95021.03366.0728-0.99097.46460.5489-0.7527-0.69590.97250.1181-0.04620.21330.7994-0.6670.26570.1444-0.130.3697-0.10440.22583.661688.96722.6821
30.4851-0.05140.23230.99680.75950.73590.0077-0.0757-0.05610.1053-0.07820.12210.0558-0.11120.07050.22080.0395-0.00240.18040.03430.214760.149689.841416.8171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A538 - 632
2X-RAY DIFFRACTION2B845 - 921
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 54
4X-RAY DIFFRACTION3B19 - 38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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