PDB-6wfw: Crystal structure of Fab364 in complex with NPNA2 peptide from ci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wfw

タイトル

Crystal structure of Fab364 in complex with NPNA2 peptide from circumsporozoite protein

要素

Fab364 heavy chain
Fab364 light chain
Immunoglobulin G-binding protein G
NPNA2 peptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Sporozoite / Circumsporozoite protein / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / IgG binding / side of membrane / cell surface / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus sp. group G (バクテリア)

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.093 Å

データ登録者

Pholcharee, T. / Oyen, D. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural and biophysical correlation of anti-NANP antibodies with in vivo protection against P. falciparum.
著者: Pholcharee, T. / Oyen, D. / Flores-Garcia, Y. / Gonzalez-Paez, G. / Han, Z. / Williams, K.L. / Volkmuth, W. / Emerling, D. / Locke, E. / Richter King, C. / Zavala, F. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2020年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wfw.cif.gz	201.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wfw.ent.gz	159.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wfw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wfw_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wfw_full_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示
XML形式データ	6wfw_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	6wfw_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/6wfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/6wfw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6w00C 6w05C 6wfxC 6wfyC 6wfzC 6wg0C 6wg1C 6wg2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o41-2 6o41-3 1dee-2 1dee-3 6w00-d 5gs3-d 5mn6-d 6rxj-d 6o41-1 6uuh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

G: Immunoglobulin G-binding protein G

H: Fab364 heavy chain

L: Fab364 light chain

P: NPNA2 peptide

54.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.440, 117.045, 116.912
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: 抗体	Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G 分子量: 6563.201 Da / 分子数: 1 / 断片: domain III (UNP residues 438-497) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア) 遺伝子: spg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909
#2: 抗体	Fab364 heavy chain 分子量: 23598.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体	Fab364 light chain 分子量: 23197.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: タンパク質・ペプチド	NPNA2 peptide 分子量: 810.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P02893*PLUS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG8000, 0.05 M potassium phosphate dibasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月15日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.093→50 Å / Num. obs: 28464 / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.934 / R_pim(I) all: 0.048 / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 556 / CC_1/2: 0.738 / R_pim(I) all: 0.313 / R_sym value: 0.4 / % possible all: 34.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Homology model

解像度: 2.093→43.845 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2566	1431	5.04 %
R_work	0.2132	-	-
obs	0.2154	28419	86.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.093→43.845 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3644	0	0	123	3767

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3730
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.664	5096
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.596	2179
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	589
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	651

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.093-2.1676	0.3416	68	0.2759	1206	X-RAY DIFFRACTION	40
2.1676-2.2543	0.3304	114	0.2717	1754	X-RAY DIFFRACTION	58
2.2543-2.3569	0.312	124	0.2627	2358	X-RAY DIFFRACTION	76
2.3569-2.4812	0.3273	135	0.2601	2822	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4812-2.6366	0.3332	155	0.2523	3074	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6366-2.8402	0.2857	166	0.2473	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8402-3.1259	0.2755	175	0.2436	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1259-3.5781	0.278	159	0.2191	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5781-4.5073	0.2341	160	0.1853	3177	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5073-43.845	0.2052	175	0.1814	3259	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0399	-0.0033	0.2802	3.6413	-0.4459	1.9078	0.0703	0.1603	-0.2716	-0.2613	-0.3204	0.152	0.5716	0.1324	0.2061	0.4742	0.066	0.0943	0.4604	-0.0272	0.3626	-5.501	-36.751	20.513
2	2.508	0.6354	-0.0823	3.4266	0.3361	1.8323	-0.1623	0.1679	-0.3796	0.1963	0.1374	-0.7459	0.4487	0.1924	-0.0114	0.3599	0.007	0.022	0.3578	-0.0085	0.3138	-6.781	-30.588	21.304
3	3.2219	-1.1925	0.2784	5.0077	-0.3059	2.1723	0.2473	0.7512	-0.1791	-0.4104	-0.5014	0.3703	0.1815	-0.1146	0.1803	0.3507	-0.0008	-0.0111	0.5407	-0.0322	0.3075	-9.941	-31.824	14.002
4	1.1927	0.3414	-0.8193	0.609	0.4657	1.544	-0.0311	-0.038	0.0863	-0.1582	-0.0145	-0.0739	-0.1138	0.1793	0.0037	0.3348	0.0508	-0.0361	0.623	-0.027	0.2816	-2.966	-27.656	14.086
5	2.9187	-0.381	-0.1134	3.0349	-0.3299	3.5198	-0.0715	-0.0371	-0.2508	-0.4686	0.4532	-0.3804	0.5408	0.1808	-0.1908	0.3634	0.077	-0.0202	0.4919	-0.0222	0.3561	0.394	-31.195	17.285
6	2.5006	0.4011	-0.5247	1.4811	0.5905	1.3213	-0.1402	-0.2111	-0.4409	-0.7256	0.0129	-0.3332	0.8594	0.4821	0.1811	1.035	0.1327	0.2834	0.4461	0.0711	0.6106	-32.513	-46.014	46.584
7	0.9124	0.7268	-2.0098	0.5867	-1.6245	4.4527	-0.238	-0.2165	-0.2368	1.3966	0.0177	1.0325	1.1022	-0.4015	0.3374	0.848	0.0201	0.3037	0.5854	0.0046	0.6332	-21.346	-36.705	30.465
8	1.5518	-0.2851	-0.5418	1.1642	-0.1076	1.7585	0.057	0.013	0.1127	-0.0034	0.0058	-0.1363	-0.0219	0.0981	-0.0852	0.1973	0.0171	0.0054	0.36	0.017	0.3074	-14.726	-16.941	30.505
9	1.2671	0.768	-0.8087	3.1371	-1.7467	3.5637	-0.1451	-0.0353	0.0546	-0.4104	0.2026	0.2588	0.2925	-0.5893	-0.0658	0.3446	-0.0169	-0.0105	0.49	0.0463	0.2697	-42.643	-27.96	53.253
10	1.3614	-0.1634	-0.0596	1.2034	-0.5797	2.4049	0.0582	0.0282	0.2302	-0.0595	-0.0728	-0.0363	0.0315	0.1504	0.0244	0.2431	-0.0014	0.0386	0.3233	0.035	0.3382	-28.569	-8.638	28.56
11	0.2599	0.2469	-0.148	0.8195	-0.0973	0.0882	0.2884	-0.0095	-0.087	-0.1718	-0.2692	0.2292	-0.3645	0.1064	-0.0655	1.296	-0.183	0.0196	0.7839	0.0661	0.6773	-45.474	-50.038	52.624

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN G AND RESID 3:13 )	G	3 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN G AND RESID 14:27 )	G	14 - 27
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN G AND RESID 28:41 )	G	28 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN G AND RESID 42:51 )	G	42 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN G AND RESID 52:62 )	G	52 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN H AND RESID 1:106 )	H	1 - 106
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN H AND RESID 107:118 )	H	107 - 118
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND RESID 119:213 )	H	119 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN L AND RESID 2:102 )	L	2 - 102
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN L AND RESID 103:213 )	L	103 - 213
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN P AND RESID 1:8 )	P	1 - 8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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