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万見
- PDB-6wft: BatAAV-10HB - genome-containing particles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wft
タイトルBatAAV-10HB - genome-containing particles
要素VP1 capsid
キーワードVIRUS / Icosahedral Capsid / AAV / Gene Therapy / non-primate / Bat
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / VP1 capsid
類似検索 - 構成要素
生物種Bat adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Mietzsch, M. / Agbandje-McKenna, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of a bat Adeno-associated virus capsid.
著者: Mario Mietzsch / Ya Li / Justin Kurian / James Kennon Smith / Paul Chipman / Robert McKenna / Lin Yang / Mavis Agbandje-McKenna /
要旨: Adeno-associated viruses (AAVs) are widespread among vertebrates. AAVs isolated from bats display low capsid protein sequence identities (<60%) to AAV2, AAV5, and other primate AAVs. Here we report the first capsid structure of a non-primate AAV which was isolated from bats. The capsid structure of BtAAV-10HB (10HB) was determined by cryo-electron microscopy and three-dimensional image reconstruction to 3.03 Å resolution. Comparison of empty and genome-containing capsids showed that the capsid structures are almost identical except for an ordered nucleotide in a previously described nucleotide-binding pocket, the density in the 5-fold channel, and several amino acids with altered side chain conformations. Compared to other dependoparvoviruses, for example AAV2 and AAV5, 10HB displays unique structural features including insertions and deletions in capsid surface loops. Overall, the 10HB capsid structure superposes with an RMSD of 1.7 Å and 1.8 Å to AAV2 and AAV5, respectively. Currently all approved AAV human gene therapy biologics and vectors in clinical trials are based on primate isolates. However, pre-existing neutralizing antibodies in the human population represents a hurdle to their use. 10HB capsids are capable of packaging AAV2 vector genomes and thus have potential as gene delivery vectors. Significantly, a screen with human sera showed lack of recognition by the 10HB capsid. Thus, the different capsid surface of 10HB vectors likely renders it "invisible" to potential pre-existing neutralizing human anti-AAV antibodies especially because this virus or similar variants do not exist in primate populations.
履歴
登録2020年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年5月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21656
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21656
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1 capsid
B: VP1 capsid
C: VP1 capsid
D: VP1 capsid
E: VP1 capsid
F: VP1 capsid
G: VP1 capsid
H: VP1 capsid
I: VP1 capsid
J: VP1 capsid
K: VP1 capsid
L: VP1 capsid
M: VP1 capsid
N: VP1 capsid
O: VP1 capsid
P: VP1 capsid
Q: VP1 capsid
R: VP1 capsid
S: VP1 capsid
T: VP1 capsid
U: VP1 capsid
V: VP1 capsid
W: VP1 capsid
X: VP1 capsid
Y: VP1 capsid
Z: VP1 capsid
a: VP1 capsid
b: VP1 capsid
c: VP1 capsid
d: VP1 capsid
e: VP1 capsid
f: VP1 capsid
g: VP1 capsid
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j: VP1 capsid
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l: VP1 capsid
m: VP1 capsid
n: VP1 capsid
o: VP1 capsid
p: VP1 capsid
q: VP1 capsid
r: VP1 capsid
s: VP1 capsid
t: VP1 capsid
u: VP1 capsid
v: VP1 capsid
w: VP1 capsid
x: VP1 capsid
y: VP1 capsid
z: VP1 capsid
1: VP1 capsid
2: VP1 capsid
3: VP1 capsid
4: VP1 capsid
5: VP1 capsid
6: VP1 capsid
7: VP1 capsid
8: VP1 capsid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,484,336120
ポリマ－3,464,46260
非ポリマー19,87360
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
VP1 capsid


分子量: 57741.039 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bat adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2Z4K548
#2: 化合物...
ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP


分子量: 331.222 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Adeno-associated virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 75 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10-2155_2155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: cisTEM / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4661 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.009255000
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.918348180
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.442252780
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05535940
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00645960

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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