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- PDB-6wcz: CryoEM structure of full-length ZIKV NS5-hSTAT2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wcz
タイトルCryoEM structure of full-length ZIKV NS5-hSTAT2 complex
要素
  • Non-structural protein 5
  • Signal transducer and activator of transcription 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / ZIKV NS5 / hSTAT2 / CryoEM
機能・相同性
機能・相同性情報


ISGF3 complex / symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-20 family signaling / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of mitochondrial fission / ubiquitin-like protein ligase binding / Regulation of IFNA/IFNB signaling / regulation of protein phosphorylation / flavivirin ...ISGF3 complex / symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-20 family signaling / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of mitochondrial fission / ubiquitin-like protein ligase binding / Regulation of IFNA/IFNB signaling / regulation of protein phosphorylation / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / defense response / Evasion by RSV of host interferon responses / response to peptide hormone / RNA polymerase II transcription regulator complex / Interferon alpha/beta signaling / viral capsid / double-stranded RNA binding / regulation of cell population proliferation / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / defense response to virus / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / Potential therapeutics for SARS / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / symbiont entry into host cell / DNA-binding transcription factor activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Signal transducer and activation of transcription 2, C-terminal / STAT2, SH2 domain / Signal transducer and activator of transcription 2 C terminal / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain ...Signal transducer and activation of transcription 2, C-terminal / STAT2, SH2 domain / Signal transducer and activator of transcription 2 C terminal / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / p53-like transcription factor, DNA-binding / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Vaccinia Virus protein VP39 / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Signal transducer and activator of transcription 2 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Boxiao, W. / Stephanie, T. / Kang, Z. / Maria, T.S. / Jian, F. / Jiuwei, L. / Linfeng, G. / Wendan, R. / Yanxiang, C. / Ethan, C.V. ...Boxiao, W. / Stephanie, T. / Kang, Z. / Maria, T.S. / Jian, F. / Jiuwei, L. / Linfeng, G. / Wendan, R. / Yanxiang, C. / Ethan, C.V. / HeaJin, H. / Matthew, J.E. / Sean, E.O. / Adolfo, G.S. / Hong, Z. / Rong, H. / Jikui, S.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)1S10RR23057 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)1R35GM119721 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)1R21AI147057 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Structural basis for STAT2 suppression by flavivirus NS5.
著者: Boxiao Wang / Stephanie Thurmond / Kang Zhou / Maria T Sánchez-Aparicio / Jian Fang / Jiuwei Lu / Linfeng Gao / Wendan Ren / Yanxiang Cui / Ethan C Veit / HeaJin Hong / Matthew J Evans / ...著者: Boxiao Wang / Stephanie Thurmond / Kang Zhou / Maria T Sánchez-Aparicio / Jian Fang / Jiuwei Lu / Linfeng Gao / Wendan Ren / Yanxiang Cui / Ethan C Veit / HeaJin Hong / Matthew J Evans / Seán E O'Leary / Adolfo García-Sastre / Z Hong Zhou / Rong Hai / Jikui Song /
要旨: Suppressing cellular signal transducers of transcription 2 (STAT2) is a common strategy that viruses use to establish infections, yet the detailed mechanism remains elusive, owing to a lack of ...Suppressing cellular signal transducers of transcription 2 (STAT2) is a common strategy that viruses use to establish infections, yet the detailed mechanism remains elusive, owing to a lack of structural information about the viral-cellular complex involved. Here, we report the cryo-EM and crystal structures of human STAT2 (hSTAT2) in complex with the non-structural protein 5 (NS5) of Zika virus (ZIKV) and dengue virus (DENV), revealing two-pronged interactions between NS5 and hSTAT2. First, the NS5 methyltransferase and RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) domains form a conserved interdomain cleft harboring the coiled-coil domain of hSTAT2, thus preventing association of hSTAT2 with interferon regulatory factor 9. Second, the NS5 RdRP domain also binds the amino-terminal domain of hSTAT2. Disruption of these ZIKV NS5-hSTAT2 interactions compromised NS5-mediated hSTAT2 degradation and interferon suppression, and viral infection under interferon-competent conditions. Taken together, these results clarify the mechanism underlying the functional antagonism of STAT2 by both ZIKV and DENV.
履歴
登録2020年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21618
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal transducer and activator of transcription 2
B: Non-structural protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,2754
ポリマ－201,1442
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription 2 / p113


分子量: 98025.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAT2
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P52630
#2: タンパク質 Non-structural protein 5


分子量: 103118.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_72125gpGP1, A2G93_72126gpGP1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2R4LVT4, UniProt: Q32ZE1*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1full-length ZIKV NS5-hSTAT2 complexCOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2hSTAT2COMPLEX#11RECOMBINANT
3ZIKV NS5COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 141 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Zika virus (ジカ熱ウイルス)64320
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)866768
23Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)866768
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 7.5, 175 mM NaCl, 5 mM DTT
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.53粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
11RELION2分類
12RELION2３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
14Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 118760 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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