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- PDB-3bim: Crystal structure of the BCL6 BTB domain dimer in complex with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bim
タイトルCrystal structure of the BCL6 BTB domain dimer in complex with the BCOR BBD corepressor peptide
要素
  • B-cell lymphoma 6 protein
  • BCL-6 corepressor
キーワードTRANSCRIPTION REPRESSOR / protein-peptide compex / Activator / Chromosomal rearrangement / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Proto-oncogene / Repressor / Transcription / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger / Alternative splicing / ANK repeat / Chromatin regulator / Disease mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tooth mineralization / BCOR complex / specification of axis polarity / negative regulation of bone mineralization / blastocyst hatching / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation ...negative regulation of tooth mineralization / BCOR complex / specification of axis polarity / negative regulation of bone mineralization / blastocyst hatching / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / odontogenesis / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / negative regulation of Rho protein signal transduction / FOXO-mediated transcription of cell death genes / roof of mouth development / regulation of cell differentiation / regulation of T cell proliferation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of Notch signaling pathway / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / erythrocyte development / heat shock protein binding / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / regulation of cytokine production / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cell motility / negative regulation of cell growth / cell morphogenesis / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / intracellular protein localization / heterochromatin formation / regulation of cell population proliferation / heart development / actin cytoskeleton organization / regulation of inflammatory response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / spermatogenesis / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of apoptotic process / chromatin remodeling / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
BCL-6 corepressor, non-ankyrin-repeat domain / BCL-6 co-repressor, non-ankyrin-repeat region / BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / PCGF Ub-like fold discriminator superfamily / : / BCORL-PCGF1-binding domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. ...BCL-6 corepressor, non-ankyrin-repeat domain / BCL-6 co-repressor, non-ankyrin-repeat region / BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / PCGF Ub-like fold discriminator superfamily / : / BCORL-PCGF1-binding domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 corepressor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Prive, G.G. / Ghetu, A.F.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Structure of a BCOR corepressor peptide in complex with the BCL6 BTB domain dimer.
著者: Ghetu, A.F. / Corcoran, C.M. / Cerchietti, L. / Bardwell, V.J. / Melnick, A. / Prive, G.G.
履歴
登録2007年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
I: BCL-6 corepressor
B: B-cell lymphoma 6 protein
J: BCL-6 corepressor
C: B-cell lymphoma 6 protein
K: BCL-6 corepressor
D: B-cell lymphoma 6 protein
L: BCL-6 corepressor
E: B-cell lymphoma 6 protein
M: BCL-6 corepressor
F: B-cell lymphoma 6 protein
N: BCL-6 corepressor
G: B-cell lymphoma 6 protein
O: BCL-6 corepressor
H: B-cell lymphoma 6 protein
P: BCL-6 corepressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,90416
ポリマ－131,90416
非ポリマー00
水2,540141
1
C: B-cell lymphoma 6 protein
K: BCL-6 corepressor
D: B-cell lymphoma 6 protein
L: BCL-6 corepressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9764
ポリマ－32,9764
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7510 Å2
手法PISA
2
G: B-cell lymphoma 6 protein
O: BCL-6 corepressor
H: B-cell lymphoma 6 protein
P: BCL-6 corepressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9764
ポリマ－32,9764
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
手法PISA
3
A: B-cell lymphoma 6 protein
I: BCL-6 corepressor
B: B-cell lymphoma 6 protein
J: BCL-6 corepressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9764
ポリマ－32,9764
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
E: B-cell lymphoma 6 protein
M: BCL-6 corepressor
F: B-cell lymphoma 6 protein
N: BCL-6 corepressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9764
ポリマ－32,9764
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.55, 150.55, 312.25
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質
B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / Zinc finger protein 51 / LAZ-3 protein / BCL-5 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27


分子量: 14559.823 Da / 分子数: 8 / 断片: BTB domain (also known as the POZ domain) / 変異: C8Q, C67R, C84N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41182
#2: タンパク質・ペプチド
BCL-6 corepressor / BCoR


分子量: 1928.128 Da / 分子数: 8 / 断片: BBD (BTB binding domain) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6W2J9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 75 mM NaAcetate, 900 mM K2HPO4, 700 NaH2PO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.7 Å / Num. all: 65050 / Num. obs: 63099 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 98.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R29

1r29


解像度: 2.6→48.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 9.457 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.364 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 3069 4.9 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.221 63035 97.06 %-
all-65050 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.704 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.62 Å2-0.81 Å20 Å2
2---1.62 Å20 Å2
3---2.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8950 0 0 141 9091
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0229100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7831.96312317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.09851105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.123.157415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.349151643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1381586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026750
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.250.24034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.26227
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3070.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2490.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6291.55758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.27529156
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.85833563
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7034.53161
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 218 -
Rwork0.298 4375 -
all-4593 -
obs--97.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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