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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w73 | |||||||||
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タイトル | Fab Structure of CD4 Binding Site (CD4bs) Huamn Monoclonal Antibody HmAb64 | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / HIV-1 gp120 / antibody / IgG | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kong, X. / Pan, R. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A CD4 Binding Site (CD4bs) Monoclonal Antibody Elicited from A Human Volunteer Immunized by a DNA Prime/Protein Boost gp120 HIV Vaccine 著者: Kong, X. / Pan, R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1deeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23353.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||
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#2: 抗体 | 分子量: 24023.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG1500, 8%MPD, 0.1M Tris pH8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→45.63 Å / Num. obs: 21339 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 48.4 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.84 / Num. unique obs: 1621 / CC1/2: 0.882 / Rrim(I) all: 0.53 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DEE 解像度: 2.8→45.63 Å / SU ML: 0.4188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.074
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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