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- PDB-6w4m: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ADCC-POTENT, WEAKLY NEUTRALIZING HIV ENV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w4m
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ADCC-POTENT, WEAKLY NEUTRALIZING HIV ENV CO-RECEPTOR BINDING SITE ANTIBODY N12-I2 FAB IN COMPLEX WITH HIV-1 CLADE A/E GP120 AND M48U1
要素
  • ANTI-HIV ANTIBODY N12-I2 FAB HEAVY CHAIN
  • ANTI-HIV ANTIBODY N12-I2 FAB LIGHT CHAIN
  • M48U1 CD4 MIMETIC PEPTIDE
  • clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ADCC AND NEUTRALIZING ANTI-HIV-1 ENV ANTIBODY N12-I2 / CD4I ANTIBODY / FAB FRAGMENT / HIV-1 GP120 / IMMUNE SYSTEM / CLADE A/E 93TH057 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI116274 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI129769 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI120756 米国
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2020
タイトル: Defining rules governing recognition and Fc-mediated effector functions to the HIV-1 co-receptor binding site.
著者: Tolbert, W.D. / Sherburn, R. / Gohain, N. / Ding, S. / Flinko, R. / Orlandi, C. / Ray, K. / Finzi, A. / Lewis, G.K. / Pazgier, M.
履歴
登録2020年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2020年8月5日ID: 5UWE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
L: ANTI-HIV ANTIBODY N12-I2 FAB LIGHT CHAIN
H: ANTI-HIV ANTIBODY N12-I2 FAB HEAVY CHAIN
N: M48U1 CD4 MIMETIC PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,45713
ポリマ－91,4664
非ポリマー1,9919
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area35810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.687, 69.522, 213.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 39160.367 Da / 分子数: 1 / 変異: H375S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / Cell (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9
#2: 抗体 ANTI-HIV ANTIBODY N12-I2 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23437.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 ANTI-HIV ANTIBODY N12-I2 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 25810.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質・ペプチド M48U1 CD4 MIMETIC PEPTIDE


分子量: 3056.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.45 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 15% PEG 6000 5% MPD 0.1 M MES pH 6.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL12-210.97946
シンクロトロンSSRL BL14-120.97946
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2016年1月7日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2016年1月6日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SI (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979461
21
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 12129 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.931 / Rmerge(I) obs: 0.321 / Rpim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 456 / CC1/2: 0.611 / Rpim(I) all: 0.434 / % possible all: 66.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UWE

5uwe
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.2→42.34 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3011 612 5.06 %
Rwork0.241 --
obs0.2439 12090 88.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→42.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6194 0 126 0 6320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6868759
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.199924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471013
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051112
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.520.31641260.26722055X-RAY DIFFRACTION65
3.52-4.030.31421650.27453058X-RAY DIFFRACTION96
4.03-5.070.28431560.22753137X-RAY DIFFRACTION97
5.07-42.340.30291650.23033228X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6353-0.9643-0.97432.5678-0.74754.9917-0.2061-0.2032-0.23690.32850.19520.49270.1664-0.39880.09030.39030.0391-0.00120.39560.04040.6509-1.608723.9538-32.6751
23.16211.4032-1.71224.0718-0.79062.7636-0.46620.5654-0.414-1.04930.2176-0.5350.5201-0.07650.14930.7248-0.02220.09720.5004-0.09690.639534.090118.8914-88.2093
32.55811.6545-2.00942.7433-2.32333.3596-0.0290.01080.2065-0.2410.13990.20140.00870.0664-0.09460.5865-0.0448-0.01750.4412-0.0690.560631.554332.0481-76.1671
40.06020.04780.1016-0.14270.0212-0.10240.2767-0.325-1.1054-0.56850.0214-1.02581.08391.4963-00.84650.1209-0.01821.0765-0.01270.998720.502720.4641-33.7932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'G' and resid 47 through 492)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'L' and resid 1 through 212)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'H' and resid 2 through 216)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'N' and resid 1 through 27)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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