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- PDB-6w3d: Rd1NTF2_05 with long sheet -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w3d
タイトルRd1NTF2_05 with long sheet
要素Rd1NTF2_05
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / NTF2-like / synthetic
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Bick, M.J. / Basanta, B. / Sankaran, B. / Baker, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)DARPA Synergistic Discovery and Design (SD2) HR0011835403 contract FA8750-17-C-0219 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: An enumerative algorithm for de novo design of proteins with diverse pocket structures.
著者: Basanta, B. / Bick, M.J. / Bera, A.K. / Norn, C. / Chow, C.M. / Carter, L.P. / Goreshnik, I. / Dimaio, F. / Baker, D.
履歴
登録2020年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32021年6月23日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rd1NTF2_05


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7061
ポリマ－15,7061
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC followed by multi-angle light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.076, 30.498, 61.099
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Rd1NTF2_05


分子量: 15705.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.32 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein at 56mg/ml, then 1:1 dilution in 0.09M Sodium fluoride; 0.09M Sodium bromide; 0.09M Sodium iodide, 0.1M Tris/BICINE pH 8.5, 50% v/v of 40% v/v PEG 500 MME; 20 % w/v PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen cryo stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999995 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→28.275 Å / Num. obs: 22794 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 20.24 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.38-1.44.41.909499211440.3061.032.1750.8100
7.56-28.273.60.0194951360.9990.0110.02261.185

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHENIXdev-3026精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSJun 17, 2015データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Computational design model

解像度: 1.38→28.275 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2158 1997 8.77 %
Rwork0.1825 --
obs0.1855 22779 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.4 Å2 / Biso mean: 32.1968 Å2 / Biso min: 15.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.38→28.275 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数856 0 0 57 913
Biso mean---38.31 -
残基数----116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019963
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5491305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.415349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01172
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.38-1.41450.35331390.32051464100
1.4145-1.45280.32891430.27161492100
1.4528-1.49550.30871420.24051467100
1.4955-1.54380.22481390.20781455100
1.5438-1.59890.30221440.18291499100
1.5989-1.6630.21871420.18071471100
1.663-1.73860.2381400.1771464100
1.7386-1.83030.22331430.16961487100
1.8303-1.94490.22771430.15261487100
1.9449-2.09510.21171440.14781487100
2.0951-2.30580.20591420.15211474100
2.3058-2.63920.19171450.16641505100
2.6392-3.32430.19561430.19331500100
3.3243-28.2750.21191480.1926153098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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