+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6w3f | ||||||
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Title | Rd1NTF2_05_I64F_A80G_T94P_D101K_L106W | ||||||
Components | Rd1NTF2_05_I64F_A80G_T94P_D101K_L106W | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / NTF2-like / synthetic | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.83 Å | ||||||
Authors | Bick, M.J. / Basanta, B. / Sankaran, B. / Baker, D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020 Title: An enumerative algorithm for de novo design of proteins with diverse pocket structures. Authors: Basanta, B. / Bick, M.J. / Bera, A.K. / Norn, C. / Chow, C.M. / Carter, L.P. / Goreshnik, I. / Dimaio, F. / Baker, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6w3f.cif.gz | 138.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6w3f.ent.gz | 109.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6w3f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/6w3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/6w3f | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13477.491 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pET29b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Lemo21 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 43.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Protein solution concentration: 7.7mg/mL diluted 1:1 in 0.09M Sodium nitrate, 0.09 Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate, pH 6.5 0.1M Imidazole/MES monohydrate (acid), %50v/v of ...Details: Protein solution concentration: 7.7mg/mL diluted 1:1 in 0.09M Sodium nitrate, 0.09 Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate, pH 6.5 0.1M Imidazole/MES monohydrate (acid), %50v/v of 40% v/v PEG 500 MME; 20 % w/v PEG 20000 (Morpheus-HT96 C1) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen cryo stream / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 0.978633 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 24, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double-crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978633 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.83→44.72 Å / Num. obs: 19640 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 29.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 81919 / Scaling rejects: 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Computational design model Resolution: 1.83→44.716 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / Phase error: 33
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 155.16 Å2 / Biso mean: 52.8598 Å2 / Biso min: 23.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.83→44.716 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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