PDB-6w3f: Rd1NTF2_05_I64F_A80G_T94P_D101K_L106W

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w3f

タイトル

Rd1NTF2_05_I64F_A80G_T94P_D101K_L106W

要素

Rd1NTF2_05_I64F_A80G_T94P_D101K_L106W

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / NTF2-like / synthetic

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Bick, M.J. / Basanta, B. / Sankaran, B. / Baker, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: An enumerative algorithm for de novo design of proteins with diverse pocket structures.
著者: Basanta, B. / Bick, M.J. / Bera, A.K. / Norn, C. / Chow, C.M. / Carter, L.P. / Goreshnik, I. / Dimaio, F. / Baker, D.

履歴

登録	2020年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2021年6月23日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w3f.cif.gz	138.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w3f.ent.gz	109.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w3f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/6w3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/6w3f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6w3dC 6w3gC 6w3wC 6w40C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4p15-d 2y1r-8 4kuo-d 3i86-1 5d47-d 5y13-d 4ru2-6 1y0o-2 3fsd-d 5d45-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Rd1NTF2_05_I64F_A80G_T94P_D101K_L106W

B: Rd1NTF2_05_I64F_A80G_T94P_D101K_L106W

27 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Rd1NTF2_05_I64F_A80G_T94P_D101K_L106W

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC followed by multi-angle light scattering
13.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Rd1NTF2_05_I64F_A80G_T94P_D101K_L106W

登録者が定義した集合体
13.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.510, 38.510, 134.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Rd1NTF2_05_I64F_A80G_T94P_D101K_L106W 分子量: 13477.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.69 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein solution concentration: 7.7mg/mL diluted 1:1 in 0.09M Sodium nitrate, 0.09 Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate, pH 6.5 0.1M Imidazole/MES monohydrate (acid), %50v/v of ...詳細: Protein solution concentration: 7.7mg/mL diluted 1:1 in 0.09M Sodium nitrate, 0.09 Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate, pH 6.5 0.1M Imidazole/MES monohydrate (acid), %50v/v of 40% v/v PEG 500 MME; 20 % w/v PEG 20000 (Morpheus-HT96 C1)

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.69 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution concentration: 7.7mg/mL diluted 1:1 in 0.09M Sodium nitrate, 0.09 Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate, pH 6.5 0.1M Imidazole/MES monohydrate (acid), %50v/v of ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen cryo stream / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.978633 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月24日

放射

モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978633 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.83→44.72 Å / Num. obs: 19640 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.86 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 81919 / Scaling rejects: 14

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.83-1.87	4.2	2.455	4864	1171	0.412	1.388	2.827	0.6	100
8.97-44.72	4.1	0.022	721	175	0.999	0.012	0.025	44.2	99

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.44 Å	44.72 Å
Translation	2.44 Å	44.72 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.1	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PHENIX	dev-3112	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS	Jun 17, 2015	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Computational design model

解像度: 1.83→44.716 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 33

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2551	1702	9.81 %
R_work	0.2162	-	-
obs	0.22	17345	88.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 155.16 Å² / B_iso mean: 52.8598 Å² / B_iso min: 23.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.83→44.716 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1715	0	0	55	1770
B_iso mean	-	-	-	43.69	-
残基数	-	-	-	-	229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1744
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.837	2354
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.271	1048
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	266
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	309

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8303-1.8841	0.4286	101	0.3872	950	66
1.8841-1.9449	0.3776	116	0.3461	1098	73
1.9449-2.0145	0.3302	135	0.3024	1168	79
2.0145-2.0951	0.3333	134	0.2836	1209	84
2.0951-2.1905	0.3024	135	0.2567	1293	88
2.1905-2.306	0.315	146	0.2372	1349	90
2.306-2.4504	0.2719	138	0.2465	1360	92
2.4504-2.6396	0.2695	152	0.2474	1393	95
2.6396-2.9052	0.3037	167	0.2492	1452	97
2.9052-3.3255	0.2721	150	0.222	1440	99
3.3255-4.1892	0.2242	168	0.1771	1470	99
4.1892-44.716	0.2042	160	0.1807	1461	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9572	0.4954	-0.0747	0.2563	-0.007	2.6723	-0.0155	0.1559	-0.0573	-0.0551	-0.284	0.4602	0.2718	-0.5831	0.3356	0.3195	0.1153	0.1133	0.3353	0.0622	0.3604	-11.2242	25.9028	86.2429
2	2.6378	-2.089	0.5277	1.7989	-0.1952	0.669	0.2086	-0.5002	-0.1409	0.1319	-0.0152	0.3668	-0.106	-0.3601	0.0433	0.4399	0.0625	0.0543	0.3832	0.029	0.3476	-5.396	31.9169	98.5906
3	1.1767	1.8017	-2.1269	4.2129	-5.6539	9.0452	-0.3357	-0.0911	0.4662	0.0157	0.053	-0.4182	-0.6039	0.7827	0.224	0.7329	-0.0323	-0.005	0.3574	0.0898	0.3743	6.1462	38.6012	93.1899
4	4.0166	-1.0289	1.4242	5.3421	-1.8831	1.5954	0.117	-0.2994	0.6523	0.557	-0.0384	-0.4702	-0.6166	-0.7097	0.0337	0.7069	0.1995	0.0123	0.3686	-0.0814	0.4003	-4.121	40.4862	95.8315
5	1.4833	-0.9645	0.0024	1.0256	-0.4721	1.109	0.0302	-0.124	0.3175	0.1457	0.016	-0.2289	0.0045	0.22	-0.0028	0.4616	0.206	0.052	0.3215	0.0411	0.3403	-3.2391	30.0869	81.7112
6	0.7376	-0.0981	0.1812	5.2031	-1.494	1.4116	-0.0849	0.0497	0.0648	0.1874	0.2171	-0.0911	-0.0955	-0.2952	0.0661	0.3765	0.1159	0.092	0.3457	0.0394	0.3229	-2.2326	33.6556	84.0603
7	3.0591	0.9096	0.3106	5.9429	-1.25	2.9376	-0.0218	-0.2285	0.1963	0.5207	-0.0572	-0.1622	-0.3475	-0.2565	0.0734	0.4593	0.0789	0.0938	0.3306	0.0553	0.296	-0.6197	27.624	91.7726
8	2.1706	-0.8296	0.4448	2.0493	1.6362	3.6705	-0.4734	0.0572	0.1989	0.5014	0.2537	0.4485	0.0848	-0.6001	0.2725	0.4565	0.0194	0.1301	0.2938	0.0454	0.466	-11.9628	13.8547	72.7476
9	1.9053	0.4221	-0.7819	1.9346	-1.3208	1.0362	-0.0197	0.6255	-0.0381	-0.1762	-0.0473	-0.0269	0.8661	-0.1897	-0.0631	0.6086	-0.0154	0.0645	0.3467	-0.0689	0.2808	-3.2543	7.0128	60.2393
10	4.2741	3.0248	1.1106	3.5216	-0.3748	1.2694	-0.3798	0.3623	-0.5023	-0.4425	0.5035	-0.1086	0.3825	0.1617	0.8795	0.5895	0.092	0.1155	0.1942	-0.0082	0.3472	-4.7941	7.1582	69.6251
11	2.584	0.1689	0.5225	2.6975	0.7285	1.3433	-0.4098	-0.122	-0.2765	0.5518	0.238	0.1635	0.2398	-0.2681	0.0867	0.4869	0.1465	0.1807	0.2906	0.0538	0.325	-1.5117	10.2988	72.1857
12	2.4056	1.1571	-0.3302	1.4721	0.8147	2.0711	-0.2248	0.4081	0.206	-0.3902	-0.0638	-0.1029	0.6339	0.1316	0.1589	0.358	0.0548	-0.0024	0.3339	-0.0364	0.3112	-2.5882	13.8774	64.7207

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 19 )	A	0 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 33 )	A	20 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 34 through 44 )	A	34 - 44
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 45 through 58 )	A	45 - 58
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 59 through 86 )	A	59 - 86
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 87 through 102 )	A	87 - 102
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 103 through 114 )	A	103 - 114
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 19 )	B	1 - 19
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 20 through 44 )	B	20 - 44
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 45 through 72 )	B	45 - 72
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 73 through 102 )	B	73 - 102
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 103 through 114 )	B	103 - 114

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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