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Yorodumi- PDB-5y13: Crystal structure of human FABP4 complexed with ligand 5-((4-brom... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y13 | ||||||
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Title | Crystal structure of human FABP4 complexed with ligand 5-((4-bromonaphthalene)-1-sulfonamido)pentanoic acid | ||||||
Components | Fatty acid-binding protein, adipocyte | ||||||
Keywords | LIPID BINDING PROTEIN / FABP4 / inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / cellular response to lithium ion / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet ...hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / cellular response to lithium ion / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / response to bacterium / positive regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Su, H.X. / Liu, Q.F. / Xu, Y.C. | ||||||
Citation | Journal: Eur J Med Chem / Year: 2018 Title: From hit to lead: Structure-based discovery of naphthalene-1-sulfonamide derivatives as potent and selective inhibitors of fatty acid binding protein 4 Authors: Gao, D.D. / Dou, H.X. / Su, H.X. / Zhang, M.M. / Wang, T. / Liu, Q.F. / Cai, H.Y. / Ding, H.P. / Yang, Z. / Zhu, W.L. / Xu, Y.C. / Wang, H.Y. / Li, Y.X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5y13.cif.gz | 45.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5y13.ent.gz | 29 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5y13.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/5y13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/5y13 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16911.268 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: FABP4 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P15090 |
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#2: Chemical | ChemComp-8K0 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 37.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 1.6M trisodium citrate, PH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 27, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→29.99 Å / Num. obs: 25254 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.655 % / Biso Wilson estimate: 14.76 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rrim(I) all: 0.039 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 27.22 / Num. measured all: 92294 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.75→29.99 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / Phase error: 20.37
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 52.95 Å2 / Biso mean: 18.39 Å2 / Biso min: 6.15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→29.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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