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- PDB-6w10: Structure of mouse TREX1 with E198K disease-associated mutation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w10
タイトルStructure of mouse TREX1 with E198K disease-associated mutation
要素Three-prime repair exonuclease 1
キーワードHYDROLASE / nuclease / DNase / innate immunity / autoimmunity
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to type I interferon / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / : / immune complex formation / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / T cell antigen processing and presentation ...cellular response to type I interferon / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / : / immune complex formation / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / DNA exonuclease activity / DNA modification / regulation of lipid biosynthetic process / regulation of fatty acid metabolic process / regulation of protein complex stability / cellular response to hydroxyurea / heart process / lymphoid progenitor cell differentiation / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / regulation of type I interferon production / regulation of lysosome organization / 3'-5'-DNA exonuclease activity / regulation of cellular respiration / MutLalpha complex binding / regulation of tumor necrosis factor production / macrophage activation involved in immune response / inflammatory response to antigenic stimulus / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / apoptotic cell clearance / regulation of T cell activation / regulation of metabolic process / DNA binding, bending / regulation of glycolytic process / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / WW domain binding / DNA metabolic process / regulation of innate immune response / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / heart morphogenesis / response to UV / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of innate immune response / DNA damage checkpoint signaling / kidney development / generation of precursor metabolites and energy / determination of adult lifespan / cellular response to reactive oxygen species / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / protein-DNA complex / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / regulation of gene expression / cellular response to oxidative stress / double-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / immune response / inflammatory response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Three-prime repair exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.80003386368 Å
データ登録者Zhou, W. / Mohr, L. / Maciejowski, J. / Kranzusch, P.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: cGAS phase separation inhibits TREX1-mediated DNA degradation and enhances cytosolic DNA sensing.
著者: Zhou, W. / Mohr, L. / Maciejowski, J. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2020年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Three-prime repair exonuclease 1
B: Three-prime repair exonuclease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8222
ポリマ－52,8222
非ポリマー00
水8,701483
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area18240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.579, 85.338, 99.465
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Three-prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1


分子量: 26411.107 Da / 分子数: 2 / 変異: E198K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M NH4OAc, 17.5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.082 Å / Num. obs: 52490 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 13.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3071 / CC1/2: 0.694 / Rpim(I) all: 0.493 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MXJ

3mxj


解像度: 1.80003386368→46.0815723547 Å / SU ML: 0.207863400799 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33660788442 / 位相誤差: 21.1759656496
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203539892849 1998 3.81836945304 %Random selection
Rwork0.177648065152 ---
obs0.178623584216 52326 99.75217325 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.2082269278 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.80003386368→46.0815723547 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3352 0 0 483 3835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009825380836553432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.070304522124673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064429518203536
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00668381438978603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.49646530112106
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8001-1.8450.336415661651380.2930954864273471X-RAY DIFFRACTION97.5141853553
1.845-1.89490.3001169063221390.2378794914793550X-RAY DIFFRACTION99.8646453709
1.8949-1.95070.2351155779031420.2156510104443561X-RAY DIFFRACTION99.8382313292
1.9507-2.01370.2215097793641410.2052198060953537X-RAY DIFFRACTION99.9185004075
2.0137-2.08560.2358535377241420.192724886693576X-RAY DIFFRACTION99.9731110514
2.0856-2.16910.2054280570071410.1690734778183566X-RAY DIFFRACTION99.9730312837
2.1691-2.26790.2236504690581410.1803040986633564X-RAY DIFFRACTION100
2.2679-2.38740.2197168750261430.1730189267193584X-RAY DIFFRACTION99.8660235798
2.3874-2.5370.1894753286591430.1718754238483589X-RAY DIFFRACTION99.946438136
2.537-2.73280.1999339690171420.1778637676813589X-RAY DIFFRACTION99.973204716
2.7328-3.00780.1829056413191440.1775853345293614X-RAY DIFFRACTION99.9468085106
3.0078-3.44290.2139655135761440.176161292563633X-RAY DIFFRACTION99.8677948176
3.4429-4.33720.1813388647711460.1531594979073669X-RAY DIFFRACTION100
4.3372-46.0810.188907354781520.1774063530563825X-RAY DIFFRACTION99.8744349573
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.439701815410.194479044091-0.1170468534571.73296432068-0.6830613853532.03024965442-0.0724387611-0.07228077822770.165518757596-0.06359445237790.1546371094860.280005494198-0.15402297532-0.268166158266-0.06473652729020.2013624121330.00466877971236-0.02215870395070.2006659864-0.001817348560180.213535442195-2.849038330952.555441532478.01108979153
23.85042389377-0.865198348228-0.5082538591081.447244846150.3041837665353.995136166110.00846706442896-0.05260047094590.435265750896-0.0481816125167-0.00859249425872-0.256049640798-0.08977137562720.7072603720150.02285075408710.2143480069240.005996937984850.02102537229970.2867864048250.01360732528610.24935371822312.2345474598-5.7697474061515.7481363383
31.58599285106-0.5946530488620.2200872924672.30765224479-0.48377549491.95261653905-0.050698524490.01865354330880.137466368749-0.1257111431420.0747295590764-0.0440988282414-0.101191158639-0.0614026678431-0.02845998168680.198766525382-0.0178016207837-0.001078562084260.1940760710480.001945465479020.1756104458020.731927168532.29801519821.99938067899
43.088470749360.298451503339-0.1838243521861.238183419140.1098908580341.066361956810.2148687696480.171403822306-0.2503944375480.245328557425-0.0854099589917-0.06814510201920.09496799326270.0102474969572-0.1071362615970.237904125681-0.0106014382384-0.01745841190610.158725085276-0.006237376946250.2174985749350.0254020500598-4.9424026414338.5518417776
51.906942782540.222434177241-0.4299733749872.156650657941.149959347053.39252511378-0.03571324659990.1841591533860.123344448696-0.0125513341912-0.006449287957960.0840155934945-0.0691136823145-0.2431137863090.06150141725070.2077503427140.00321752886293-0.000813103754430.2193967142410.02472265531950.194922978882-2.74409159301-3.2361842640626.3385123235
61.792783318881.076259030190.1151457043033.62354959106-0.2475797626151.31969344659-0.0211154666105-0.03563086721080.02195375753860.1471438190870.04206424828530.00783736788773-0.0543238038696-0.0953060615518-0.01366025608890.2001336320620.01061641169220.01443935995190.210127824643-0.007363290101480.173579628232-1.039021686291.1299699145536.9415045233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 70 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 114 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 115 through 234 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 30 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 31 through 129 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 130 through 234 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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