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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vvt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Mycobacterium smegmatis transcription initiation complex with Rifampicin-resistant RNA polymerase and antibiotic Sorangicin | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA/ANTIBIOTIC / DNA binding / antibiotic / TRANSFERASE-DNA-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription ...bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lilic, M. / Darst, S.A. / Campbell, E.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The antibiotic sorangicin A inhibits promoter DNA unwinding in a rifampicin-resistant RNA polymerase. 著者: Mirjana Lilic / James Chen / Hande Boyaci / Nathaniel Braffman / Elizabeth A Hubin / Jennifer Herrmann / Rolf Müller / Rachel Mooney / Robert Landick / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell / ![]() ![]() 要旨: Rifampicin (Rif) is a first-line therapeutic used to treat the infectious disease tuberculosis (TB), which is caused by the pathogen (). The emergence of Rif-resistant (Rif) presents a need for new ...Rifampicin (Rif) is a first-line therapeutic used to treat the infectious disease tuberculosis (TB), which is caused by the pathogen (). The emergence of Rif-resistant (Rif) presents a need for new antibiotics. Rif targets the enzyme RNA polymerase (RNAP). Sorangicin A (Sor) is an unrelated inhibitor that binds in the Rif-binding pocket of RNAP. Sor inhibits a subset of Rif RNAPs, including the most prevalent clinical Rif RNAP substitution found in infected patients (S456>L of the β subunit). Here, we present structural and biochemical data demonstrating that Sor inhibits the wild-type RNAP by a similar mechanism as Rif: by preventing the translocation of very short RNAs. By contrast, Sor inhibits the Rif S456L enzyme at an earlier step, preventing the transition of a partially unwound promoter DNA intermediate to the fully opened DNA and blocking the template-strand DNA from reaching the active site in the RNAP catalytic center. By defining template-strand blocking as a mechanism for inhibition, we provide a mechanistic drug target in RNAP. Our finding that Sor inhibits the wild-type and mutant RNAPs through different mechanisms prompts future considerations for designing antibiotics against resistant targets. Also, we show that Sor has a better pharmacokinetic profile than Rif, making it a suitable starting molecule to design drugs to be used for the treatment of TB patients with comorbidities who require multiple medications. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 641.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 489 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 391.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 395.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 JF
#1: タンパク質 | 分子量: 13078.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QZ11 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 51573.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: sigA, MSMEG_2758 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0QW02 |
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#2: タンパク質 | 分子量: 37959.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL8, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 128706.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: P60281, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 146712.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS66, DNA-directed RNA polymerase #5: タンパク質 | | 分子量: 11544.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QWT1, DNA-directed RNA polymerase |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 OP
#7: DNA鎖 | 分子量: 9565.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 7930.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 5種, 28分子 ![](data/chem/img/SRN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-SRN / | ||||
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#10: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||
#11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-SO4 / #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 0.2 M lithium sulfate, 20% w/v PEG3350, 2.5% v/v ethylene glycol, 1% v/v DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 112933 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.173 / Χ2: 0.884 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 527429 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 5TW1 解像度: 2.901→49.746 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.36
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 328.73 Å2 / Biso mean: 96.6844 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.901→49.746 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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