PDB-6vvd: Legionella pneumophila Lpg2603 kinase bound to IP6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vvd

タイトル

Legionella pneumophila Lpg2603 kinase bound to IP6

要素

Dot/Icm T4SS effector

キーワード

TRANSFERASE / phosphorylation / kinase / IP6

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell cytoplasmic vesicle / regulation of GTPase activity / small GTPase binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S. / Sreelatha, A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: ALegionellaeffector kinase is activated by host inositol hexakisphosphate.
著者: Sreelatha, A. / Nolan, C. / Park, B.C. / Pawlowski, K. / Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S.

履歴

登録	2020年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2020年10月14日	Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vvd.cif.gz	624.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vvd.ent.gz	438 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vvd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vvd_validation.pdf.gz	489.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vvd_full_validation.pdf.gz	491.3 KB	表示
XML形式データ	6vvd_validation.xml.gz	2 KB	表示
CIF形式データ	6vvd_validation.cif.gz	9.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/6vvd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/6vvd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vvcSC 6vveC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vve-d 6wg9-2 6hyi-d 3pve-d 4ljs-d 1psw-d 1lq8-3 4yhs-d 1vis-d 1qu0-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dot/Icm T4SS effector

B: Dot/Icm T4SS effector

C: Dot/Icm T4SS effector

ヘテロ分子

115 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Dot/Icm T4SS effector

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dot/Icm T4SS effector

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Dot/Icm T4SS effector

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.928, 73.207, 261.249
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Dot/Icm T4SS effector 分子量: 37593.328 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 10-322 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: C3927_13135, DI026_05180 / プラスミド: ppSumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A2S6F2W2, UniProt: Q5ZSB6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE 分子量: 660.035 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₈O₂₄P₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.84 % / Mosaicity: 0.625 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.75 詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.03 M sodium chloride, 1 mm IP6, 45% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月15日 / 詳細: monochromator

放射

モノクロメーター: sagittally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97927 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 30198 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 19.1 % / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.075 / Χ²: 0.973 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 575456

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.65-2.7	15.3	1.988	1415	0.541	0.49	2.052	0.922	96.3
2.7-2.74	16.4	1.807	1465	0.645	0.432	1.862	0.891	97.8
2.74-2.8	17	1.531	1491	0.733	0.363	1.576	0.913	98.2
2.8-2.85	17.1	1.255	1430	0.824	0.299	1.292	0.926	98.3
2.85-2.92	16.2	1.024	1510	0.855	0.254	1.057	0.917	98.6
2.92-2.98	19.4	0.916	1455	0.905	0.207	0.94	0.903	99.4
2.98-3.06	19.7	0.733	1494	0.919	0.165	0.752	0.916	99.3
3.06-3.14	19.8	0.52	1493	0.965	0.118	0.534	0.928	99.9
3.14-3.23	19.5	0.373	1492	0.981	0.085	0.383	0.964	99.5
3.23-3.34	19.1	0.257	1511	0.988	0.059	0.265	0.987	99.7
3.34-3.46	19	0.213	1493	0.992	0.049	0.219	1.029	99.7
3.46-3.6	17.6	0.147	1496	0.995	0.035	0.151	1.041	99.2
3.6-3.76	20.4	0.12	1519	0.997	0.027	0.123	1.067	100
3.76-3.96	20.7	0.09	1496	0.998	0.02	0.092	1.119	100
3.96-4.21	21.1	0.069	1525	0.999	0.015	0.071	1.098	100
4.21-4.53	20.6	0.055	1553	0.999	0.012	0.057	1.077	99.8
4.53-4.99	20.3	0.048	1524	0.999	0.011	0.049	1.105	99.5
4.99-5.71	21.9	0.045	1559	0.999	0.01	0.046	0.98	99.9
5.71-7.19	19.7	0.039	1578	0.999	0.009	0.04	0.869	99.7
7.19-50	19.5	0.029	1699	0.999	0.007	0.03	0.755	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6VVC

6vvc

解像度: 2.65→43.54 Å / SU ML: 0.3097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.5624
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2805	2056	7.79 %	random
R_work	0.256	24345	-	-
obs	0.2579	26401	87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→43.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7107	0	108	0	7215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	7418
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5861	10074
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0409	1023
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	1280
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6828	2776

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.72	0.3316	64	0.3181	757	X-RAY DIFFRACTION	41.61
2.72-2.78	0.4165	85	0.3058	1011	X-RAY DIFFRACTION	54.91
2.78-2.86	0.2858	99	0.2985	1169	X-RAY DIFFRACTION	64.63
2.86-2.94	0.3419	114	0.3065	1364	X-RAY DIFFRACTION	73.1
2.94-3.04	0.3325	130	0.3091	1521	X-RAY DIFFRACTION	84.71
3.04-3.15	0.3625	143	0.2958	1700	X-RAY DIFFRACTION	91.78
3.15-3.27	0.3164	150	0.28	1766	X-RAY DIFFRACTION	95.94
3.27-3.42	0.2975	150	0.2711	1785	X-RAY DIFFRACTION	97.63
3.42-3.6	0.2821	156	0.2799	1841	X-RAY DIFFRACTION	98.42
3.6-3.83	0.3346	157	0.2611	1856	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.83-4.12	0.2444	158	0.241	1875	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-4.54	0.2251	159	0.221	1874	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.54-5.19	0.2426	158	0.2124	1880	X-RAY DIFFRACTION	99.61
5.19-6.54	0.2787	163	0.2547	1924	X-RAY DIFFRACTION	99.95
6.54-43.54	0.2515	170	0.2364	2022	X-RAY DIFFRACTION	99.41

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.732550803363	-0.100115498948	0.590669025158	0.399060730441	-0.164741253292	0.991658597868	-0.0389245211939	-0.142421384613	-0.0176200867259	0.0729447961018	0.0453251804362	-0.0668891235229	0.0159150324297	0.180736795245	-0.0878452538252	0.359787744688	0.154437112899	-0.19446931098	0.80834353094	0.0154929596447	0.263845278397	28.9605809526	-19.3297840943	-17.7403636401
2	2.76392636459	-0.0784755117051	0.854280955321	1.62106985358	-0.0746783675175	1.07975245586	0.0313047141821	-0.788270199117	-0.335494369643	0.269072550433	0.172935535842	0.205616010371	0.427949641153	-0.179005956636	-0.236292701681	0.279813364683	0.0471317770628	-0.0847174030592	0.418941751096	0.105882007136	0.237854286124	13.6311352468	-17.1338413295	-22.8041027405
3	2.58712325909	-0.505576639152	-0.325484292175	2.2655781374	-0.950938021056	4.3802356815	-0.0102215707723	-0.535485234834	0.158799470797	0.156514455344	0.0948156879831	-0.0336754136185	-0.164307143132	-0.0196839095542	-0.106319276418	0.143976583511	-0.00082282608916	-0.0249756118099	0.255965412024	-0.059853137528	0.113244827745	12.8843696937	-8.06395965199	-28.6718039217
4	2.99955852576	-1.15870409509	0.290381412612	1.25007743337	-1.2011559487	1.79913306371	0.29055640521	0.201749729703	-0.185271546825	-0.486138021082	-0.126548768144	0.300517400969	0.352323758557	0.0927134097901	0.0384056375313	0.200190652921	0.0993525489944	-0.0829936434286	0.126089092457	-0.0509243875413	0.159917833767	11.437392532	-11.0669523972	-40.732570883
5	3.25622571757	0.620186775671	-0.259516585323	1.72593824078	0.274098253	1.28681620536	0.281926114752	0.640218806852	-0.0670424961775	-0.961412742418	-0.433061382889	0.308065916473	0.316444594536	-0.0511751979242	0.0975160410003	0.736144869866	0.257852039239	-0.0283322666098	0.322959931625	0.0272285617036	0.282543801045	8.38169992937	-2.69835206082	-54.7046446015
6	1.28199372699	-1.7426140421	1.11217935822	2.38901711212	-1.9101260558	9.0073504963	-0.020906343313	0.248325432291	0.190765185227	-0.184186299843	-0.507661902092	-0.92257708911	-0.535368793507	1.05106420955	0.724418648867	0.651144418581	0.159302553121	0.279700018231	0.500071566887	0.334775963794	0.680294412556	18.451568633	4.56972888155	-51.958863458
7	0.605117784038	0.105168805917	-0.887410916165	1.89594426655	-0.29217513191	1.91758570368	0.136624622137	0.775540247596	0.363437029591	-0.697100320798	-0.210589711539	-0.395843129669	-0.192566747569	-0.537848538479	0.00958940692285	0.453995585552	0.232295018863	0.19151765969	0.544302828896	0.212825713192	0.478157411378	42.6415874672	-8.26540907881	-72.2716600771
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 66 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 142 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 143 through 194 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 195 through 259 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 260 through 291 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 292 through 317 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 24 through 165 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 166 through 195 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 196 through 322 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 24 through 37 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 38 through 53 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 54 through 97 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 98 through 154 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 155 through 178 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 179 through 228 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 229 through 280 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 281 through 309 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 310 through 322 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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