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Yorodumi- PDB-4yhs: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (I... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4yhs | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM BRADYRHIZOBIUM sp. BTAi1 (BBta_2440, TARGET EFI-511490) WITH BOUND BIS-TRIS | ||||||
Components | Monosaccharide ABC transporter substrate-binding protein, CUT2 family | ||||||
Keywords | SOLUTE-BINDING PROTEIN / ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics | ||||||
Function / homology | TMAO reductase system, periplasmic protein TorT / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Periplasmic binding protein-like I / periplasmic space / Monosaccharide ABC transporter substrate-binding protein, CUT2 family Function and homology information | ||||||
Biological species | Bradyrhizobium sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM BRADYRHIZOBIUM sp. BTAi1 (BBta_2440, TARGET EFI-511490) WITH BOUND BIS-TRIS Authors: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. ...Authors: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4yhs.cif.gz | 200.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4yhs.ent.gz | 169.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4yhs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4yhs_validation.pdf.gz | 432.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4yhs_full_validation.pdf.gz | 432.8 KB | Display | |
Data in XML | 4yhs_validation.xml.gz | 18.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4yhs_validation.cif.gz | 28 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhs | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38318.465 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bradyrhizobium sp. (strain BTAi1 / ATCC BAA-1182) (bacteria) Strain: BTAi1 / ATCC BAA-1182 / Gene: BBta_2440 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A5EEL3 |
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#2: Chemical | ChemComp-BTB / |
#3: Chemical | ChemComp-CL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 59.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (MCSG1 H9)(0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25%(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (80% (50% Peg3350), 20% Reservoir) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Feb 11, 2015 / Details: MIRRORS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→100 Å / Num. obs: 42874 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 19.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.969 / Net I/av σ(I): 30.725 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 861431 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.8→24.601 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 128.65 Å2 / Biso mean: 28.5382 Å2 / Biso min: 10.06 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→24.601 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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