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- PDB-6vrd: Crystal structure of RNase H/RNA/PS-ASO complex at an atomic level -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vrd
タイトルCrystal structure of RNase H/RNA/PS-ASO complex at an atomic level
要素
  • RNA (5'-R(*(OMC)P*(N7X)P*(T39)P*(C5L)P*(A2M))-D(P*(SC)P*(PST)P*(SC)P*(AS)P*(SC)P*(SC)P*(SC)P*(AS)P*(SC)P*(PST))-R(P*(6OO)P*(RFJ)P*(6OO)P*(6OO)P*(6NW))-3')
  • RNA (5'-R(*UP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*GP*GP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*AP*GP*G)-3')
  • Ribonuclease H1
キーワードHYDROLASE/RNA / RNase H / Complex / RNA / ASO / DNA / HYDROLASE / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / RNA catabolic process / ribonuclease H / RNA nuclease activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H1, eukaryote / : / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Caulimovirus viroplasmin / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA / RNA (> 10) / Ribonuclease H1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.299 Å
データ登録者Cho, Y.-J. / Butler, D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RNase H/RNA/PS-ASO complex at an atomic level
著者: Cho, Y.-J. / Butler, D.
履歴
登録2020年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease H1
B: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*GP*GP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*AP*GP*G)-3')
C: RNA (5'-R(*(OMC)P*(N7X)P*(T39)P*(C5L)P*(A2M))-D(P*(SC)P*(PST)P*(SC)P*(AS)P*(SC)P*(SC)P*(SC)P*(AS)P*(SC)P*(PST))-R(P*(6OO)P*(RFJ)P*(6OO)P*(6OO)P*(6NW))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9578
ポリマ－46,4713
非ポリマー4865
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.760, 53.030, 106.477
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ribonuclease H1 / RNase H1 / Ribonuclease H type II


分子量: 33218.457 Da / 分子数: 1 / 変異: D210N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNASEH1, RNH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60930, ribonuclease H

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*GP*GP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量: 6614.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*(OMC)P*(N7X)P*(T39)P*(C5L)P*(A2M))-D(P*(SC)P*(PST)P*(SC)P*(AS)P*(SC)P*(SC)P*(SC)P*(AS)P*(SC)P*(PST))-R(P*(6OO)P*(RFJ)P*(6OO)P*(6OO)P*(6NW))-3')


分子量: 6637.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 355分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.8 M Ammonium sulphate, 0.1 M citrate pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.299→35.133 Å / Num. obs: 65937 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 12.67
反射 シェル解像度: 1.299→1.346 Å / Num. unique obs: 6385 / CC1/2: 0.397

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSvJan10,2014データ削減
Aimlessv0.7.4データスケーリング
PHASERv2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2qk9

2qk9


解像度: 1.299→35.133 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 3320 5.04 %
Rwork0.1895 --
obs0.1914 65928 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.01 Å2 / Biso mean: 23.5414 Å2 / Biso min: 11.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.299→35.133 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1164 439 53 350 2006
Biso mean--35.47 33.41 -
残基数----188
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.2991-1.31770.34821360.3687246296
1.3177-1.33740.39581420.35032583100
1.3374-1.35830.33991400.33812562100
1.3583-1.38050.34641310.3252593100
1.3805-1.40430.30381470.31362570100
1.4043-1.42990.30321480.28912576100
1.4299-1.45740.29671240.28112580100
1.4574-1.48710.30851360.2622595100
1.4871-1.51950.28041370.23622585100
1.5195-1.55480.2371350.22332584100
1.5548-1.59370.26821360.21792586100
1.5937-1.63680.2711370.20582593100
1.6368-1.68490.21811370.18962608100
1.6849-1.73930.21431370.18162596100
1.7393-1.80150.20961370.17752619100
1.8015-1.87360.21541380.1852607100
1.8736-1.95890.2461370.20292611100
1.9589-2.06210.25821360.18892592100
2.0621-2.19130.21661390.1792636100
2.1913-2.36050.22111400.18042642100
2.3605-2.59790.23891390.18342649100
2.5979-2.97370.2261410.1822668100
2.9737-3.74590.19671410.15832696100
3.7459-35.1330.191490.15682815100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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