+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8swb | ||||||
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Title | RNase H complex with streopure ASO and RNA | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/RNA / Complex of DNA(ASO) and RNA OSS stereochemistry (PS-backbone) RNase H / HYDROLASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA replication, removal of RNA primer / RNA catabolic process / ribonuclease H / RNA nuclease activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / RNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Cho, Y.-J. / Iwamoto, N. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of RNase H/RNA/PS-ASO complex at an atomic level Authors: Iwamoto, N. / Cho, Y.-J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8swb.cif.gz | 114.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8swb.ent.gz | 80.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8swb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/8swb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/8swb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6vrdC 2qk9S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / RNA chain / DNA chain , 3 types, 3 molecules ABD
#1: Protein | Mass: 16575.719 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RNASEH1, RNH1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O60930, ribonuclease H |
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#2: RNA chain | Mass: 6614.976 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
#3: DNA chain | Mass: 6621.295 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
-Non-polymers , 4 types, 113 molecules
#4: Chemical | ChemComp-GOL / |
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#5: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#6: Chemical | ChemComp-PEG / |
#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: 1:1 complex : precipitant (0.8 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate, pH 4.0), cryoprotection: mother liquor + 1.75 M ammonium sulfate, 1 minute |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 29, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→47.36 Å / Num. obs: 18366 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 9 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 1340 / Rpim(I) all: 0.795 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2QK9 Resolution: 2→42.62 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.45 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→42.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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