[日本語] English
万見
- PDB-6vqn: Co-crystal structure of human PD-L1 complexed with Compound A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vqn
タイトルCo-crystal structure of human PD-L1 complexed with Compound A
要素Programmed cell death 1 ligand 1
キーワードCELL CYCLE / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production ...negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / Co-inhibition by PD-1 / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / cellular response to lipopolysaccharide / early endosome membrane / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / immune response / positive regulation of cell migration / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R81 / Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者White, A. / Lakshminarasimhan, D. / Leo, C. / Suto, R.K.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Checkpoint inhibition through small molecule-induced internalization of programmed death-ligand 1.
著者: Park, J.J. / Thi, E.P. / Carpio, V.H. / Bi, Y. / Cole, A.G. / Dorsey, B.D. / Fan, K. / Harasym, T. / Iott, C.L. / Kadhim, S. / Kim, J.H. / Lee, A.C.H. / Nguyen, D. / Paratala, B.S. / Qiu, R. ...著者: Park, J.J. / Thi, E.P. / Carpio, V.H. / Bi, Y. / Cole, A.G. / Dorsey, B.D. / Fan, K. / Harasym, T. / Iott, C.L. / Kadhim, S. / Kim, J.H. / Lee, A.C.H. / Nguyen, D. / Paratala, B.S. / Qiu, R. / White, A. / Lakshminarasimhan, D. / Leo, C. / Suto, R.K. / Rijnbrand, R. / Tang, S. / Sofia, M.J. / Moore, C.B.
履歴
登録2020年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death 1 ligand 1
B: Programmed cell death 1 ligand 1
C: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5675
ポリマ－44,4303
非ポリマー1,1372
水2,504139
1
A: Programmed cell death 1 ligand 1
B: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1893
ポリマ－29,6202
非ポリマー5691
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子

C: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7574
ポリマ－29,6202
非ポリマー1,1372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.003, 172.173, 80.585
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / hPD-L1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 14809.955 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 化合物 ChemComp-R81 / N,N'-(2,2'-dimethyl[1,1'-biphenyl]-3,3'-diyl)bis(5-{[(2-hydroxyethyl)amino]methyl}pyridine-2-carboxamide)


分子量: 568.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H36N6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM NaCitrate, pH 6.5 and 22% (w/v) PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→80.58 Å / Num. obs: 24239 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 177368 / Scaling rejects: 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.49-2.627.71.1632692234830.7110.4431.246299.1
7.87-80.586.30.04252518290.9990.0180.04634.697.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZQK

4zqk


解像度: 2.49→58.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.357 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.213
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1117 4.6 %RANDOM
Rwork0.1767 ---
obs0.1791 23114 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.48 Å2 / Biso mean: 53.871 Å2 / Biso min: 29.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.24 Å2-0 Å20 Å2
2---1.87 Å2-0 Å2
3---5.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→58.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2912 0 63 139 3114
Biso mean--46.41 56.56 -
残基数----365
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133037
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0172838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6631.6674107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3781.6036566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5855362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91623.182154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.81315529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.131515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02623
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.555 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 67 -
Rwork0.328 1703 -
all-1770 -
obs--98.83 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る