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- PDB-6vot: Crystal structure of Pseudomonas aerugonisa PBP3 complexed to gam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vot
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aerugonisa PBP3 complexed to gamma-lactam YU253434
要素Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
キーワードHYDROLASE / Inhibitor complex / penicillin-binding protein / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R7G / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者van den Akker, F.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: A gamma-Lactam Siderophore Antibiotic Effective against Multidrug-Resistant Gram-Negative Bacilli.
著者: Goldberg, J.A. / Nguyen, H. / Kumar, V. / Spencer, E.J. / Hoyer, D. / Marshall, E.K. / Cmolik, A. / O'Shea, M. / Marshall, S.H. / Hujer, A.M. / Hujer, K.M. / Rudin, S.D. / Domitrovic, T.N. / ...著者: Goldberg, J.A. / Nguyen, H. / Kumar, V. / Spencer, E.J. / Hoyer, D. / Marshall, E.K. / Cmolik, A. / O'Shea, M. / Marshall, S.H. / Hujer, A.M. / Hujer, K.M. / Rudin, S.D. / Domitrovic, T.N. / Bethel, C.R. / Papp-Wallace, K.M. / Logan, L.K. / Perez, F. / Jacobs, M.R. / van Duin, D. / Kreiswirth, B.M. / Bonomo, R.A. / Plummer, M.S. / van den Akker, F.
履歴
登録2020年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.country ..._chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0182
ポリマ－58,3291
非ポリマー6891
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.107, 83.813, 89.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein 3 / PBP-3


分子量: 58329.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: pbpB, ftsI, ftsI_2, ALP65_00912, CAZ10_21230, CGU42_01090, DZ934_06595, DZ962_00565, E4V10_06485, ECC04_026610, ERJ99_003095, FCG96_14995, FLI88_02250, IPC1481_11065, IPC1482_17070, IPC165_ ...遺伝子: pbpB, ftsI, ftsI_2, ALP65_00912, CAZ10_21230, CGU42_01090, DZ934_06595, DZ962_00565, E4V10_06485, ECC04_026610, ERJ99_003095, FCG96_14995, FLI88_02250, IPC1481_11065, IPC1482_17070, IPC165_24935, IPC170_23205, IPC669_10550, RW109_RW109_05757
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q51504, UniProt: G3XD46*PLUS, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-R7G / 1-[(2S)-2-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-{[(2-carboxypropan-2-yl)oxy]imino}acetyl]amino}-3-oxopropyl]-4-{[2-(5,6 -dihydroxy-1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)ethyl]carbamoyl}-2,5-dihydro-1H-pyrazole-3-carboxylic acid / YU253434


分子量: 688.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H28N8O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M MgCl2, and 0.1 M Tris pH 8.5. Crystal was soaked for 15 minutes in 5 mM YU253434 in mother liquor.
Temp details: RT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 20549 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 167804
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.446.80.5889870.9370.2350.6340.767100
2.44-2.496.70.5359950.9420.2180.580.74698.7
2.49-2.537.40.54310040.950.2070.5820.7798.3
2.53-2.598.60.42610160.9770.150.4530.737100
2.59-2.648.60.41410160.9790.1440.4390.708100
2.64-2.78.80.45210110.9730.1550.4790.77100
2.7-2.778.70.37510080.9860.130.3980.772100
2.77-2.858.60.33710180.9860.1180.3570.79699.9
2.85-2.938.60.29710170.9860.1050.3160.82100
2.93-3.028.50.21810170.9920.0780.2320.868100
3.02-3.138.20.19610290.9860.0710.2091.067100
3.13-3.267.30.16710180.9910.0650.1791.17398.5
3.26-3.418.70.15510190.9910.0550.1651.23899.6
3.41-3.588.90.13910340.9910.0480.1481.265100
3.58-3.818.70.12610300.9950.0440.1331.599100
3.81-4.18.60.09110300.9960.0320.0961.333100
4.1-4.5280.07410460.9960.0280.0791.26399.7
4.52-5.177.40.06910500.9960.0260.0741.289100
5.17-6.518.60.07110650.9970.0250.0751.46199.5
6.51-507.40.05211390.9990.020.0561.13399.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PBQ

3pbq


解像度: 2.4→39.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 8.111 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.464 / ESU R Free: 0.26
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2357 1057 5.2 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.185 19446 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.6 Å2 / Biso mean: 34.263 Å2 / Biso min: 13.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→39.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 48 85 3943
Biso mean--57.2 31.93 -
残基数----499
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133946
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5951.6615360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2611.5848677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1675501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.83720.842202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.07215651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7141536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02830
LS精密化 シェル解像度: 2.402→2.464 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 60 -
Rwork0.239 1367 -
all-1427 -
obs--95.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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