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- PDB-6vmx: Structure of HD14 TCR in complex with HLA-B7 presenting an EBV epitope -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vmx
タイトルStructure of HD14 TCR in complex with HLA-B7 presenting an EBV epitope
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Epstein-Barr nuclear antigen 3
  • HD14 alpha chain
  • HD14 beta chain
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR / MHC / EBV
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nuclear matrix / DNA-templated viral transcription / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / TAP binding / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib ...host cell nuclear matrix / DNA-templated viral transcription / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / TAP binding / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / secretory granule membrane / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / defense response / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein-folding chaperone binding / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / learning or memory / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / innate immune response / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Epstein-Barr virus nuclear antigen 3/4/6 / Epstein-Barr virus nuclear antigen 3 (EBNA-3) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...Epstein-Barr virus nuclear antigen 3/4/6 / Epstein-Barr virus nuclear antigen 3 (EBNA-3) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Epstein-Barr nuclear antigen 3 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Farenc, C. / Rossjohn, J. / Gras, S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1085018 オーストラリア
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2020
タイトル: A Shared TCR Bias toward an Immunogenic EBV Epitope Dominates in HLA-B*07:02-Expressing Individuals.
著者: Rowntree, L.C. / Nguyen, T.H.O. / Farenc, C. / Halim, H. / Hensen, L. / Rossjohn, J. / Kotsimbos, T.C. / Purcell, A.W. / Kedzierska, K. / Gras, S. / Mifsud, N.A.
履歴
登録2020年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Epstein-Barr nuclear antigen 3
D: HD14 alpha chain
E: HD14 beta chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Epstein-Barr nuclear antigen 3
I: HD14 alpha chain
J: HD14 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,26516
ポリマ－190,76010
非ポリマー5056
水2,288127
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Epstein-Barr nuclear antigen 3
D: HD14 alpha chain
E: HD14 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6729
ポリマ－95,3805
非ポリマー2924
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Epstein-Barr nuclear antigen 3
I: HD14 alpha chain
J: HD14 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5927
ポリマ－95,3805
非ポリマー2122
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)165.459, 181.089, 190.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AFBGDIEJ

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain / MHC class I antigen B*7


分子量: 32059.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P01889
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 HD14 alpha chain


分子量: 22649.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV24
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#5: タンパク質 HD14 beta chain


分子量: 27622.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRBV4-1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CH

#3: タンパク質・ペプチド Epstein-Barr nuclear antigen 3 / EBV nuclear antigen 3 / Epstein-Barr nuclear antigen 3A / EBV nuclear antigen 3A


分子量: 1170.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P12977

-
非ポリマー , 3種, 133分子

#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 8 mg/mL in 24% PEG 400, 0.1 M NaCl, 0.1 M sodium-citrate pH 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.71 Å / Num. obs: 52054 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5123 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WMO

5wmo


解像度: 3.1→48.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.844 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.818 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.372
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2615 5.03 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.222 52024 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 126.65 Å2 / Biso mean: 43.21 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.7512 Å20 Å20 Å2
2---20.5463 Å20 Å2
3---13.7952 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→48.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13352 0 33 127 13512
Biso mean--35.13 18.2 -
残基数----1652
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6314SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2373HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13809HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1737SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14408SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d13809HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg18751HARMONIC30.69
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.24
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.12 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3584 60 5.76 %
Rwork0.3034 981 -
all0.3064 1041 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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