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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vmx | ||||||
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タイトル | Structure of HD14 TCR in complex with HLA-B7 presenting an EBV epitope | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / TCR / MHC / EBV | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell nuclear matrix / DNA-templated viral transcription / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding ...host cell nuclear matrix / DNA-templated viral transcription / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / defense response / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein-folding chaperone binding / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Farenc, C. / Rossjohn, J. / Gras, S. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: J Immunol. / 年: 2020 タイトル: A Shared TCR Bias toward an Immunogenic EBV Epitope Dominates in HLA-B*07:02-Expressing Individuals. 著者: Rowntree, L.C. / Nguyen, T.H.O. / Farenc, C. / Halim, H. / Hensen, L. / Rossjohn, J. / Kotsimbos, T.C. / Purcell, A.W. / Kedzierska, K. / Gras, S. / Mifsud, N.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vmx.cif.gz | 341.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vmx.ent.gz | 276.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vmx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vmx_validation.pdf.gz | 275.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vmx_full_validation.pdf.gz | 275.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6vmx_validation.xml.gz | 1.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vmx_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/6vmx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/6vmx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5wmoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AFBGDIEJ
#1: タンパク質 | 分子量: 32059.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P01889 #2: タンパク質 | 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P61769 #4: タンパク質 | 分子量: 22649.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV24 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) #5: タンパク質 | 分子量: 27622.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRBV4-1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CH
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1170.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: P12977 |
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-非ポリマー , 3種, 133分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.08 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8 mg/mL in 24% PEG 400, 0.1 M NaCl, 0.1 M sodium-citrate pH 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.954 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→48.71 Å / Num. obs: 52054 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5123 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5WMO 解像度: 3.1→48.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.844 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.818 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.372
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原子変位パラメータ | Biso max: 126.65 Å2 / Biso mean: 43.21 Å2 / Biso min: 3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→48.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.12 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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