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- PDB-6vk6: Crystal Structure of Methylosinus trichosporium OB3b Soluble Meth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vk6
タイトルCrystal Structure of Methylosinus trichosporium OB3b Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase
要素
  • (Methane monooxygenase) x 2
  • Methane monooxygenase component A alpha chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / Methane Monooxygenase Hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / methane metabolic process / methane monooxygenase (soluble) / : / : / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / : / monooxygenase activity / one-carbon metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Methane monooxygenase / Methane monooxygenase component A alpha chain / Methane monooxygenase / Methane monooxygenase component A alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Jones, J.C. / Banerjee, R. / Shi, K. / Aihara, H. / Lipscomb, J.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118030, GM08347 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118000, GM118047 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Studies of theMethylosinus trichosporiumOB3b Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase and Regulatory Component Complex Reveal a Transient Substrate Tunnel.
著者: Jones, J.C. / Banerjee, R. / Shi, K. / Aihara, H. / Lipscomb, J.D.
履歴
登録2020年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methane monooxygenase component A alpha chain
B: Methane monooxygenase
C: Methane monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,63151
ポリマ－124,7713
非ポリマー2,86048
水20,2491124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25540 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area34690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.071, 292.634, 141.786
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-613-

HOH

21B-814-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Methane monooxygenase component A alpha chain


分子量: 60031.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2D2D5X0, UniProt: P27353*PLUS
#2: タンパク質 Methane monooxygenase


分子量: 45295.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2D2D5X7
#3: タンパク質 Methane monooxygenase


分子量: 19444.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2D2D0T0

-
非ポリマー , 4種, 1172分子

#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tacsimate, PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→141.79 Å / Num. obs: 395118 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.14 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.52→1.55 Å / Num. unique obs: 9633 / CC1/2: 0.509 / Rpim(I) all: 0.692

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
PHENIXデータスケーリング
PHENIXdata processing
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1MHZ

1mhz


解像度: 1.52→65.01 Å / SU ML: 0.2029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.9505
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1636 18031 4.94 %
Rwork0.1464 --
obs0.1473 364838 93.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→65.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8686 0 174 1124 9984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00489206
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85212440
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06561277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00531605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.10773314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.52-1.540.3645750.361811032X-RAY DIFFRACTION88.56
1.54-1.560.34446180.331711770X-RAY DIFFRACTION95.73
1.56-1.570.33546090.331412054X-RAY DIFFRACTION97.12
1.57-1.590.31736580.311711929X-RAY DIFFRACTION96.61
1.59-1.620.31796050.295711921X-RAY DIFFRACTION96.24
1.62-1.640.31365630.28511759X-RAY DIFFRACTION95.63
1.64-1.660.29876420.281311881X-RAY DIFFRACTION95.51
1.66-1.690.27596060.269111600X-RAY DIFFRACTION94.28
1.69-1.710.2736140.257411601X-RAY DIFFRACTION94.05
1.71-1.740.25845930.24711597X-RAY DIFFRACTION93.3
1.74-1.770.25335860.241811285X-RAY DIFFRACTION91.88
1.77-1.80.25845960.237410851X-RAY DIFFRACTION87.12
1.8-1.840.2525930.230310775X-RAY DIFFRACTION88.14
1.84-1.870.22815920.206411957X-RAY DIFFRACTION96.26
1.87-1.920.19585640.182312028X-RAY DIFFRACTION96.24
1.92-1.960.18896640.168211747X-RAY DIFFRACTION95.82
1.96-2.010.17227090.152111762X-RAY DIFFRACTION96.24
2.01-2.060.17456310.140611864X-RAY DIFFRACTION95.86
2.06-2.120.16376120.134111813X-RAY DIFFRACTION95.44
2.12-2.190.14876010.123211605X-RAY DIFFRACTION94.02
2.19-2.270.13455550.11411148X-RAY DIFFRACTION89.99
2.27-2.360.12586010.108410794X-RAY DIFFRACTION87.48
2.36-2.470.13215890.106211967X-RAY DIFFRACTION96.55
2.47-2.60.1356080.104311907X-RAY DIFFRACTION96.25
2.6-2.760.12615710.106111868X-RAY DIFFRACTION95.63
2.76-2.980.12985540.109911641X-RAY DIFFRACTION93.86
2.98-3.270.13254950.119211002X-RAY DIFFRACTION88.35
3.27-3.750.1285900.117711055X-RAY DIFFRACTION89.37
3.75-4.720.10176550.101811576X-RAY DIFFRACTION94.11
4.72-65.010.15175820.138311018X-RAY DIFFRACTION88.97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.432323238 Å / Origin y: 36.0316160163 Å / Origin z: 8.33869830243 Å
111213212223313233
T0.139289564204 Å24.80737947498E-5 Å20.00214997832326 Å2-0.238126755421 Å2-0.00218642821743 Å2--0.165772938965 Å2
L0.0578997331169 °2-0.0266315388449 °20.0128102787762 °2-0.219183200827 °2-0.0298082661988 °2--0.0981614746929 °2
S0.0025013833957 Å °0.0164332580508 Å °0.00465058470005 Å °-0.02358095225 Å °-0.00557047546414 Å °-0.0021545583626 Å °0.0127954791177 Å °0.00969204335264 Å °0.00588713187121 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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