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Yorodumi- PDB-6vk4: Crystal Structure of Methylosinus trichosporium OB3b Soluble Meth... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vk4 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Methylosinus trichosporium OB3b Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase and Regulatory Component Complex | |||||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / Methane Monooxygenase Hydroxylase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / methane metabolic process / methane monooxygenase (soluble) / : / : / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / : / monooxygenase activity / one-carbon metabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Methylosinus trichosporium OB3b (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.35 Å | |||||||||
Authors | Jones, J.C. / Banerjee, R. / Shi, K. / Aihara, H. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2020 Title: Structural Studies of theMethylosinus trichosporiumOB3b Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase and Regulatory Component Complex Reveal a Transient Substrate Tunnel. Authors: Jones, J.C. / Banerjee, R. / Shi, K. / Aihara, H. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vk4.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vk4.ent.gz | 799.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vk4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vk4_validation.pdf.gz | 511.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6vk4_full_validation.pdf.gz | 532.6 KB | Display | |
Data in XML | 6vk4_validation.xml.gz | 80.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6vk4_validation.cif.gz | 111.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/6vk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/6vk4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Methane monooxygenase ... , 2 types, 4 molecules AEDH
#1: Protein | Mass: 60031.293 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Methylosinus trichosporium OB3b (bacteria) References: UniProt: A0A2D2D5X0, UniProt: P27353*PLUS #4: Protein | Mass: 14896.885 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Methylosinus trichosporium OB3b (bacteria) References: UniProt: A0A2D2D0T8, UniProt: P27356*PLUS |
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-Protein , 2 types, 4 molecules BFCG
#2: Protein | Mass: 45295.340 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Methylosinus trichosporium OB3b (bacteria) References: UniProt: A0A2D2D5X7 #3: Protein | Mass: 19444.400 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Methylosinus trichosporium OB3b (bacteria) References: UniProt: A0A2D2D0T0 |
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-Non-polymers , 5 types, 302 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-EDO / | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Tacsimate and PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 17, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→102.86 Å / Num. obs: 131580 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 56.99 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 5.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.39 Å / Num. unique obs: 6698 / CC1/2: 0.287 / Rpim(I) all: 1.332 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.35→52.59 Å / SU ML: 0.4237 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.7665 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 64.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→52.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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