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Yorodumi- PDB-6vk6: Crystal Structure of Methylosinus trichosporium OB3b Soluble Meth... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vk6 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Methylosinus trichosporium OB3b Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase | |||||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / Methane Monooxygenase Hydroxylase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / methane metabolic process / methane monooxygenase (soluble) / : / : / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / : / monooxygenase activity / one-carbon metabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Methylosinus trichosporium OB3b (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.52 Å | |||||||||
Authors | Jones, J.C. / Banerjee, R. / Shi, K. / Aihara, H. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2020 Title: Structural Studies of theMethylosinus trichosporiumOB3b Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase and Regulatory Component Complex Reveal a Transient Substrate Tunnel. Authors: Jones, J.C. / Banerjee, R. / Shi, K. / Aihara, H. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vk6.cif.gz | 821.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vk6.ent.gz | 560.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vk6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vk6_validation.pdf.gz | 277 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6vk6_full_validation.pdf.gz | 277.9 KB | Display | |
Data in XML | 6vk6_validation.xml.gz | 2.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6vk6_validation.cif.gz | 18.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/6vk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/6vk6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6vk4C 6vk5C 6vk7C 6vk8C 1mhzS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 60031.293 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Methylosinus trichosporium OB3b (bacteria) References: UniProt: A0A2D2D5X0, UniProt: P27353*PLUS |
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#2: Protein | Mass: 45295.340 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Methylosinus trichosporium OB3b (bacteria) References: UniProt: A0A2D2D5X7 |
#3: Protein | Mass: 19444.400 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Methylosinus trichosporium OB3b (bacteria) References: UniProt: A0A2D2D0T0 |
-Non-polymers , 4 types, 1172 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-CL / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: Tacsimate, PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 28, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.52→141.79 Å / Num. obs: 395118 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.14 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.52→1.55 Å / Num. unique obs: 9633 / CC1/2: 0.509 / Rpim(I) all: 0.692 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 1MHZ Resolution: 1.52→65.01 Å / SU ML: 0.2029 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 18.9505
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.52→65.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 23.432323238 Å / Origin y: 36.0316160163 Å / Origin z: 8.33869830243 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |