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- PDB-6via: Observing a ring-cleaving dioxygenase in action through a crystal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6via
タイトルObserving a ring-cleaving dioxygenase in action through a crystalline lens - a seven-membered lactone bound structure
要素3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / In crystallo reaction / Extradiol dioxygenase / NAD+ biosynthesis / Intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase activity / : / L-tryptophan catabolic process / NAD+ biosynthetic process / quinolinate biosynthetic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EAY / : / : / HYDROXIDE ION / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.591 Å
データ登録者Wang, Y. / Liu, F. / Yang, Y. / Liu, A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM108988 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R21MH107985 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1623856 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM107529 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Observing 3-hydroxyanthranilate-3,4-dioxygenase in action through a crystalline lens.
著者: Wang, Y. / Liu, K.F. / Yang, Y. / Davis, I. / Liu, A.
履歴
登録2020年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年8月5日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site / Item: _atom_site.occupancy
改定 2.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1327
ポリマ－22,5901
非ポリマー5426
水3,117173
1
A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,26514
ポリマ－45,1812
非ポリマー1,08412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/61
Buried area5290 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.517, 58.517, 231.902
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-447-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate oxygenase / 3-HAO / 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / HAD


分子量: 22590.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus metallidurans (strain ATCC 43123 / DSM 2839 / NBRC 102507 / CH34) (バクテリア)
株: ATCC 43123 / DSM 2839 / NBRC 102507 / CH34 / 遺伝子: nbaC, Rmet_5193 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q1LCS4, 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase

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非ポリマー , 6種, 179分子

#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION


分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-EAY / (2R,3E)-2-hydroxy-3-imino-2,3-dihydrooxepine-4-carboxylic acid


分子量: 169.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
非ポリマーの詳細Ligand EAY is an intermediate. This intermediate is thought to be a epsylon-lactone radical (on C11) ...Ligand EAY is an intermediate. This intermediate is thought to be a epsylon-lactone radical (on C11) with an Fe(III)-bound hydroxide or its resonance structure composed by a neutral epsylon-lactone (C11 and O12 form double bond) with an Fe(II)-bound hydroxide

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M magnesium chloride, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月11日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 32318 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 31.2 % / Biso Wilson estimate: 25.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 1009118
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.59-1.6233.10.82116000.3281100
1.62-1.6534.70.75515820.329199.9
1.65-1.6834.90.6916100.3451100
1.68-1.7134.20.57515980.371100
1.71-1.7533.60.48616000.5421100
1.75-1.7932.60.36615920.4231100
1.79-1.8430.40.32216280.4561100
1.84-1.8934.70.31616200.7611100
1.89-1.9431.30.34115921.4391100
1.94-2340.22216140.907199.9
2-2.07320.22816301.3561100
2.07-2.1631.40.14916320.9811100
2.16-2.2625.70.15116341.359199.6
2.26-2.3832.40.1116091.138199.8
2.38-2.5233.40.09716601.226199.9
2.52-2.7231.80.09316551.547199.9
2.72-2.9930.10.07616721.67199.7
2.99-3.43280.06516071.854194.5
3.43-4.32180.05913492.112177.8
4.32-5026.90.04618341.684195.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YFU

1yfu


解像度: 1.591→30.732 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 1982 6.19 %
Rwork0.2044 30035 -
obs0.2071 32017 97.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.68 Å2 / Biso mean: 41.9275 Å2 / Biso min: 20.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.591→30.732 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1430 0 31 173 1634
Biso mean--50.72 52.3 -
残基数----176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141520
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3342061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.083883
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.591-1.63060.30881380.2744212099
1.6306-1.67470.28021400.254211899
1.6747-1.7240.27631410.2406213199
1.724-1.77960.25311410.21832125100
1.7796-1.84320.25221430.20962150100
1.8432-1.9170.38911400.312211999
1.917-2.00420.32821360.2644207796
2.0042-2.10990.31481440.2382176100
2.1099-2.2420.26771430.21792180100
2.242-2.41510.28361440.23962175100
2.4151-2.6580.2761460.20612221100
2.658-3.04230.21161460.20122212100
3.0423-3.83190.24231370.1832206991
3.8319-30.7320.19691430.1713216288
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.1576 Å / Origin y: -24.0878 Å / Origin z: 4.8173 Å
111213212223313233
T0.1998 Å2-0.0522 Å2-0.0016 Å2-0.2488 Å20.0107 Å2--0.1876 Å2
L1.1527 °2-0.3538 °20.2685 °2-1.9588 °2-1.5577 °2--4.0336 °2
S-0.1011 Å °0.2762 Å °0.0806 Å °-0.1421 Å °0.0026 Å °-0.0309 Å °-0.0268 Å °-0.1087 Å °0.1052 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-1 - 301
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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