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- PDB-6vi6: Observing a ring-cleaving dioxygenase in action through a crystal... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vi6 | |||||||||||||||
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Title | Observing a ring-cleaving dioxygenase in action through a crystalline lens - a substrate monodentately bound structure | |||||||||||||||
![]() | 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase | |||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / In crystallo reaction / Extradiol dioxygenase / NAD+ biosynthesis / Intermediate | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase activity / quinolinate biosynthetic process / anthranilate metabolic process / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / ferrous iron binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Wang, Y. / Liu, F. / Yang, Y. / Liu, A. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Observing 3-hydroxyanthranilate-3,4-dioxygenase in action through a crystalline lens. Authors: Wang, Y. / Liu, K.F. / Yang, Y. / Davis, I. / Liu, A. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 98.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 72 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 326.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 326.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 1.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 4.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6vi5C ![]() 6vi7C ![]() 6vi8C ![]() 6vi9C ![]() 6viaC ![]() 6vibC ![]() 6x11C ![]() 1yfuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 22590.377 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 43123 / DSM 2839 / NBRC 102507 / CH34 / Gene: nbaC, Rmet_5193 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q1LCS4, 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-TRS / | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-3HA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 15% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M magnesium chloride, pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 14, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 19246 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 19 % / Biso Wilson estimate: 21.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1.061 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 365092 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1YFU Resolution: 1.901→28.995 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.44
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.14 Å2 / Biso mean: 34.3174 Å2 / Biso min: 12.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.901→28.995 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 9.3516 Å / Origin y: 23.5521 Å / Origin z: 4.4958 Å
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Refinement TLS group |
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