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- PDB-6vi5: Observing a ring-cleaving dioxygenase in action through a crystal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vi5
タイトルObserving a ring-cleaving dioxygenase in action through a crystalline lens - a resting state structure
要素3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / In crystallo reaction / Extradiol dioxygenase / NAD+ biosynthesis / Intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase activity / anthranilate metabolic process / quinolinate biosynthetic process / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan catabolic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.604 Å
データ登録者Wang, Y. / Liu, F. / Yang, Y. / Liu, A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM108988 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R21MH107985 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1623856 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM107529 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Observing 3-hydroxyanthranilate-3,4-dioxygenase in action through a crystalline lens.
著者: Wang, Y. / Liu, K.F. / Yang, Y. / Davis, I. / Liu, A.
履歴
登録2020年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8605
ポリマ－22,5901
非ポリマー2694
水5,224290
1
A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,71910
ポリマ－45,1812
非ポリマー5398
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area4530 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area15970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.930, 57.930, 231.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-574-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate oxygenase / 3-HAO / 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / HAD


分子量: 22590.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus metallidurans (strain ATCC 43123 / DSM 2839 / NBRC 102507 / CH34) (バクテリア)
株: ATCC 43123 / DSM 2839 / NBRC 102507 / CH34 / 遺伝子: nbaC, Rmet_5193 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q1LCS4, 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M magnesium chloride, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月15日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 31413 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.028 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 627533
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.6314.80.90115360.9850.2330.9320.55599.9
1.63-1.6618.20.83715370.9830.1950.860.553100
1.66-1.6919.50.7215170.9860.1630.7380.554100
1.69-1.7220.40.66615510.9890.1480.6830.67100
1.72-1.7620.70.56515460.9910.1250.5790.556100
1.76-1.820.80.44315460.9940.0990.4540.572100
1.8-1.8520.90.36215180.9960.0810.3710.573100
1.85-1.919.90.37515390.9950.0860.3850.80999.9
1.9-1.9518.90.31115560.9930.0760.3211.64899.9
1.95-2.02220.22715580.9970.0490.2320.698100
2.02-2.09210.25215640.9970.0570.2581.558100
2.09-2.17220.16115470.9980.0350.1640.8100
2.17-2.2716.90.14214160.9950.0360.1470.92689.6
2.27-2.3920.70.12515820.9980.0280.1281.004100
2.39-2.5420.40.1115710.9990.0250.1131.08299.8
2.54-2.7422.40.1116010.9980.0240.1121.421100
2.74-3.0121.90.09816110.9990.0210.11.391100
3.01-3.4520.30.09416250.9980.0210.0961.696100
3.45-4.3418.60.08616440.9980.020.0881.7798.1
4.34-5018.80.07818480.9950.0180.081.42499.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.16精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YFU

1yfu


解像度: 1.604→46.029 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 1990 7.96 %
Rwork0.1987 --
obs0.2012 24998 79.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.18 Å2 / Biso mean: 24.6768 Å2 / Biso min: 5.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.604→46.029 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1409 0 11 297 1717
Biso mean--26.99 38.83 -
残基数----174
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.374 Å / Origin y: 23.748 Å / Origin z: 4.393 Å
111213212223313233
T0.0852 Å2-0.0366 Å20.0018 Å2-0.1386 Å2-0.0406 Å2--0.0847 Å2
L0.9629 °2-0.2614 °2-0.137 °2-0.699 °20.2243 °2--1.6238 °2
S-0.0883 Å °0.2689 Å °-0.0674 Å °-0.1082 Å °0.02 Å °0.0288 Å °0.0458 Å °0.103 Å °0.0322 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 174
2X-RAY DIFFRACTION1allA202 - 204
3X-RAY DIFFRACTION1allA301 - 597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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