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- PDB-6d62: Crystal structure of 3-hydroxyanthranilate-3,4-dioxygenase I142P ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6d62 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of 3-hydroxyanthranilate-3,4-dioxygenase I142P from Cupriavidus metallidurans in complex with 3-HAA | ||||||||||||
![]() | 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Holo structure / Dioxygenase / Mutant I142P / 3-HAA | ||||||||||||
Function / homology | ![]() 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase activity / quinolinate biosynthetic process / anthranilate metabolic process / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / ferrous iron binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Yang, Y. / Liu, F. / Liu, A. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Adapting to oxygen: 3-Hydroxyanthrinilate 3,4-dioxygenase employs loop dynamics to accommodate two substrates with disparate polarities. Authors: Yang, Y. / Liu, F. / Liu, A. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 61.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 40.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6bvpC ![]() 6bvqC ![]() 6bvrC ![]() 6bvsC ![]() 6cd3C ![]() 6d60C ![]() 6d61C ![]() 1yfuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 22574.334 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: I142P Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 43123 / DSM 2839 / NBRC 102507 / CH34 / Gene: nbaC, Rmet_5193 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q1LCS4, 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-3HA / | #4: Chemical | ChemComp-TRS / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: PEG 8000 10%, 1 mM DTT, 100 mM Tris-HCl, 200 mM MgCl2, pH 8.50 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Apr 12, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.77→50 Å / Num. obs: 24171 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 20.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 1.187 / Net I/σ(I): 8.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1YFU Resolution: 1.77→29.441 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.18
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 61.38 Å2 / Biso mean: 23.9018 Å2 / Biso min: 11.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.77→29.441 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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