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万見
- PDB-6vi4: Nanobody-Enabled Monitoring of Kappa Opioid Receptor States -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vi4
タイトルNanobody-Enabled Monitoring of Kappa Opioid Receptor States
要素
  • Kappa opioid receptor
  • Nanobody 6
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G protein-coupled opioid receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to acrylamide / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / dynorphin receptor activity / regulation of saliva secretion / negative regulation of luteinizing hormone secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion ...response to acrylamide / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / dynorphin receptor activity / regulation of saliva secretion / negative regulation of luteinizing hormone secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion / sensory perception / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / receptor serine/threonine kinase binding / maternal behavior / conditioned place preference / neuropeptide binding / positive regulation of p38MAPK cascade / eating behavior / behavioral response to cocaine / neuropeptide signaling pathway / estrous cycle / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / axon terminus / sensory perception of pain / T-tubule / Peptide ligand-binding receptors / sarcoplasmic reticulum / locomotory behavior / response to insulin / response to nicotine / cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / response to estrogen / synaptic vesicle membrane / presynaptic membrane / cellular response to lipopolysaccharide / G alpha (i) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / defense response to virus / perikaryon / response to ethanol / postsynaptic membrane / neuron projection / immune response / dendrite / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-JDC / Kappa-type opioid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Che, T. / Roth, B.L.
資金援助1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Nanobody-enabled monitoring of kappa opioid receptor states.
著者: Che, T. / English, J. / Krumm, B.E. / Kim, K. / Pardon, E. / Olsen, R.H.J. / Wang, S. / Zhang, S. / Diberto, J.F. / Sciaky, N. / Carroll, F.I. / Steyaert, J. / Wacker, D. / Roth, B.L.
履歴
登録2020年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kappa opioid receptor
B: Kappa opioid receptor
C: Nanobody 6
D: Nanobody 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4097
ポリマ－99,0914
非ポリマー1,3183
水00
1
B: Kappa opioid receptor
C: Nanobody 6
ヘテロ分子

A: Kappa opioid receptor
D: Nanobody 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4097
ポリマ－99,0914
非ポリマー1,3183
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_544x+1/2,-y-1,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)102.394, 108.191, 155.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Kappa opioid receptor / KOR-1


分子量: 34815.398 Da / 分子数: 2 / 変異: I135L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OPRK1, OPRK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41145
#2: 抗体 Nanobody 6


分子量: 14730.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-JDC / (3R)-7-hydroxy-N-{(2S)-1-[(3R,4R)-4-(3-hydroxyphenyl)-3,4-dimethylpiperidin-1-yl]-3-methylbutan-2-yl}-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxamide / JDTic


分子量: 465.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H39N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アンタゴニスト*YM
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM Tris pH 7.0, 360-400 mM Ammonium citrate dibasic, 28-32% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.298→30.013 Å / Num. obs: 26340 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.198 / Χ2: 0.721 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.3-3.396.61.11419980.480.4541.210.41499.2
3.39-3.496.80.88919800.6150.3590.9640.43199.6
3.49-3.66.90.74420040.7280.2980.8060.4499.3
3.6-3.736.90.5920090.8360.2370.6390.46899.5
3.73-3.886.90.43819960.8980.1750.4740.50199.5
3.88-4.056.70.3320110.9430.1350.3580.57599.4
4.05-4.276.10.2420100.9510.1040.2630.63699
4.27-4.536.30.1920130.9720.080.2080.78399.3
4.53-4.886.30.14920230.9840.0630.1620.91199.2
4.88-5.3770.13820420.9910.0550.1490.89499.4
5.37-6.1470.15720430.9850.0620.1690.74199.3
6.14-7.726.60.11420650.990.0480.1240.94698.6
7.72-3060.05921460.9960.0270.0661.7197.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DJH

4djh


解像度: 3.3→30.01 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2714 1282 4.88 %
Rwork0.2418 25000 -
obs0.2433 26282 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 163.64 Å2 / Biso mean: 87.3078 Å2 / Biso min: 41.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→30.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5951 0 96 0 6047
Biso mean--87.17 --
残基数----794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3448449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3642105
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0851027
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081026
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3-3.430.38771230.31082674279797
3.43-3.590.31181620.27342731289399
3.59-3.770.31411540.25652743289799
3.77-4.010.32111470.23692753290099
4.01-4.320.24081250.22332790291599
4.32-4.750.24491490.21272757290699
4.75-5.440.24661410.21082809295099
5.44-6.830.25421200.28462857297799
6.84-30.010.2651610.24272886304798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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