PDB-6vhy: NpsA-ThdA, an artificially fused Adenylation-PCP di-domain NRPS f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vhy

タイトル

NpsA-ThdA, an artificially fused Adenylation-PCP di-domain NRPS from Klebsiella oxytoca

要素

NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / adenylation / tilivalline / tilimycin / NRPS / nonribosomal peptide synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

ligase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella oxytoca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kreitler, D.F. / Gulick, A.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Biosynthesis, Mechanism of Action, and Inhibition of the Enterotoxin Tilimycin Produced by the Opportunistic PathogenKlebsiella oxytoca.
著者: Alexander, E.M. / Kreitler, D.F. / Guidolin, V. / Hurben, A.K. / Drake, E. / Villalta, P.W. / Balbo, S. / Gulick, A.M. / Aldrich, C.C.

履歴

登録	2020年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6vhy.ent.gz	578.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vhy_validation.pdf.gz	481.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vhy_full_validation.pdf.gz	496.8 KB	表示
XML形式データ	6vhy_validation.xml.gz	4.4 KB	表示
CIF形式データ	6vhy_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/6vhy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/6vhy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vhtC 6vhuSC 6vhvC 6vhwC 6vhxC 6vhzC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6iyl-d 3r9j-1 6iyk-d 4j5w-d 5icn-1 2h1n-d 5wgy-2 4j5x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein

B: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein

C: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein

D: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein

ヘテロ分子

259 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein

C: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Holo-NpsA-ThdA elutes as a homodimer during size exclusion chromatography, in absence of 3-hydroxybenzoyl-AVSN ligand.
130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein

D: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Holo-NpsA-ThdA elutes as a homodimer during size exclusion chromatography, in absence of 3-hydroxybenzoyl-AVSN ligand.
130 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.540, 98.721, 118.754
Angle α, β, γ (deg.)	95.331, 96.337, 106.508
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein 分子量: 64062.523 Da / 分子数: 4 / 変異: E312A,E313A,Q314A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: AGF18_11095, AGF18_11090 / プラスミド: pET15 / 詳細 (発現宿主): N-term TEV tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U4DY99, UniProt: A0A2U4DNX7
#2: 化合物	ChemComp-QXD / 5'-deoxy-5'-({[(2R)-2-{[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl]sulfanyl}-2-(3-hydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine 分子量: 806.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₉H₄₃N₈O₁₃PS₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.39 % / 解説: plates
結晶化	温度: 287 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: protein solution (19 mg/mL): 10 mM HEPES pH 8.0, 25 mM NaCl, 0.4 mM TCEP, 2.5 mM MgCl2, 5% v/v glycerol, 1.2 mM 3-hydroxybenzoyl-AVS, well solution: (0.2 M sodium formate, 20% w/v PEG3350, ...詳細: protein solution (19 mg/mL): 10 mM HEPES pH 8.0, 25 mM NaCl, 0.4 mM TCEP, 2.5 mM MgCl2, 5% v/v glycerol, 1.2 mM 3-hydroxybenzoyl-AVS, well solution: (0.2 M sodium formate, 20% w/v PEG3350, microbatch drop: 1.2 uL protein solution, 1 uL well solution (under paraffin oil)

結晶

マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.39 % / 解説: plates

結晶化

温度: 287 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: protein solution (19 mg/mL): 10 mM HEPES pH 8.0, 25 mM NaCl, 0.4 mM TCEP, 2.5 mM MgCl2, 5% v/v glycerol, 1.2 mM 3-hydroxybenzoyl-AVS, well solution: (0.2 M sodium formate, 20% w/v PEG3350, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→93.84 Å / Num. obs: 45795 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 74.91 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.124 / R_sym value: 0.116 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2224 / CC_1/2: 0.742 / R_pim(I) all: 0.338 / R_rim(I) all: 0.945 / R_sym value: 0.882 / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3459	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
autoPROC	1.0.5 (20190301)	データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6vhu

6vhu

解像度: 3→47.61 Å / SU ML: 0.3855 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 26.989
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2604	2238	4.89 %
R_work	0.2141	43529	-
obs	0.2163	45767	90.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→47.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15234	0	201	1	15436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	15750
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.731	21535
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0519	2577
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2760
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.3123	9329

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.06	0.3444	136	0.2803	2625	X-RAY DIFFRACTION	86.8
3.06-3.13	0.3051	113	0.2603	2571	X-RAY DIFFRACTION	85.78
3.13-3.21	0.2883	157	0.2597	2835	X-RAY DIFFRACTION	94.21
3.21-3.3	0.2994	143	0.254	2794	X-RAY DIFFRACTION	93.77
3.3-3.4	0.2819	146	0.2426	2800	X-RAY DIFFRACTION	93.41
3.4-3.51	0.2687	141	0.23	2770	X-RAY DIFFRACTION	92.59
3.51-3.63	0.2986	145	0.2186	2694	X-RAY DIFFRACTION	90.47
3.63-3.78	0.2525	159	0.2208	2587	X-RAY DIFFRACTION	87.7
3.78-3.95	0.2361	135	0.2121	2711	X-RAY DIFFRACTION	89.36
3.95-4.16	0.2286	154	0.193	2787	X-RAY DIFFRACTION	93.9
4.16-4.42	0.2361	119	0.1899	2785	X-RAY DIFFRACTION	93.17
4.42-4.76	0.2248	144	0.1847	2782	X-RAY DIFFRACTION	91.7
4.76-5.24	0.2414	109	0.1985	2590	X-RAY DIFFRACTION	86.09
5.24-5.99	0.3037	156	0.2263	2786	X-RAY DIFFRACTION	94.02
5.99-7.55	0.2749	144	0.2259	2641	X-RAY DIFFRACTION	88.08
7.55-47.61	0.2455	137	0.2018	2771	X-RAY DIFFRACTION	92.52

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.33453042051	0.855134257552	0.184574665668	3.73622679545	0.439414861256	1.58542089346	0.107095915496	0.0348738573508	-0.142352577224	0.364995324535	0.00277403432297	-0.116341361919	-0.173070706612	-0.0184989143999	-0.100557338466	0.295785823001	0.102209540753	0.0393704485497	0.432116935882	0.0506459912875	0.441587536058	-29.1478360157	93.8565738994	-31.6559141606
2	7.29901126552	1.94100376876	1.60009858887	8.34838558674	1.25306035808	0.718407101541	0.340676943349	-0.297943575521	0.745314739731	1.15526213411	-0.153443594209	0.889507733171	-0.244472217964	-0.404144977783	-0.245708049716	0.957683856005	0.162082453402	0.239128757074	0.598534201601	-0.0561245045671	0.467932309392	-38.6323558361	109.092702545	-23.4712220627
3	3.07436723902	-0.0560854375644	0.377605394313	2.74246654504	-0.024091366805	4.55078219274	0.0739998506437	-0.458300923859	0.523316671234	0.411322337721	-0.166551207418	0.00713027522114	-0.428163006177	0.481688383007	0.0859668890917	0.609701789617	-0.116073770374	-0.011160967509	0.635591706141	-0.0473461786827	0.461539125698	14.7002963293	47.8093946895	-7.37871109139
4	2.23554376869	1.0955646154	-0.244739407224	4.54891026437	-0.504227077225	2.46112287485	-0.218904324623	0.0591847900346	0.00883600404083	-0.481215842024	0.249274735672	0.177497936764	-0.303224515228	-0.087443279012	-0.0466812920677	0.458911883843	0.0615547982439	-0.0172072805996	0.426059036337	0.0213775413634	0.441612063525	-3.44109667268	86.915141201	48.6208875074
5	1.04707574325	0.251229497425	0.140543052601	4.23322670361	1.45660054858	5.2465244856	0.0494470426982	-0.128270486929	-0.255729852598	0.211412137961	0.14350918389	0.370099453341	0.43878307683	-0.20751442276	-0.159116769836	0.287535804106	0.0235191153568	0.0369632079636	0.40979559015	0.0849859359764	0.752659105602	34.8364162992	27.0624879921	75.6758901223
6	3.42572483339	1.27962210936	0.270700270587	8.17495026442	0.914179472583	1.85483168857	-0.0430591435649	0.0691386066867	-0.216611241564	0.488251615611	0.0542031604618	0.237163879551	0.339093431295	0.0616137318259	-0.00409249695773	0.359573522479	0.16768919626	-0.0145084340072	0.414452124718	0.0293292144549	0.490674244978	40.3785409878	29.1103241757	76.8959418943
7	1.09568552022	1.21198975318	0.190377130999	2.70310173157	-0.575405809895	1.67716985751	-0.110739580991	-0.0129821814688	-0.0181450823052	-0.233644686028	0.0881597569341	0.33624808864	-0.0932716780831	-0.108323917314	0.0177120220943	0.249456212685	0.101804873224	0.00184716252792	0.486078990142	0.00814641412136	0.585326006976	37.3861925951	48.6726727559	68.1511786737
8	4.55959283397	0.892313341259	-0.519608666449	3.34647252901	-0.534053665304	1.22524821538	-0.126748708243	0.0838153995712	-0.217234078578	-0.117628273179	0.260237435734	-0.789592115292	0.251126779988	0.435696565065	-0.117994803761	0.340808125757	0.112161449609	0.0590860258555	0.551632638065	-0.105458084316	0.658773654955	59.7586408703	43.8084779778	67.1282569322

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 376 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 377 through 416 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 4 through 425 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 4 through 392 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 6 through 125 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 126 through 192 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 193 through 314 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 315 through 412 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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