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- PDB-6vgr: Crystal Structure of Human Dipeptidase 3 in Complex with Fab of SC-003 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vgr
タイトルCrystal Structure of Human Dipeptidase 3 in Complex with Fab of SC-003
要素
  • Dipeptidase 3
  • SC-003 Fab Heavy Chain
  • SC-003 Fab Light Chain
キーワードHYDROLASE / Fab / Antibody Drug Conjugate / Dipeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptidase activity / side of membrane / acrosomal vesicle / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane dipeptidase, active site / Renal dipeptidase active site. / Peptidase M19 / Membrane dipeptidase (Peptidase family M19) / Renal dipeptidase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulins ...Membrane dipeptidase, active site / Renal dipeptidase active site. / Peptidase M19 / Membrane dipeptidase (Peptidase family M19) / Renal dipeptidase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Hayashi, K. / Longenecker, K.L. / Vivona, S.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structure of human DPEP3 in complex with the SC-003 antibody Fab fragment reveals basis for lack of dipeptidase activity.
著者: Hayashi, K. / Longenecker, K.L. / Koenig, P. / Prashar, A. / Hampl, J. / Stoll, V. / Vivona, S.
履歴
登録2020年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidase 3
B: Dipeptidase 3
C: SC-003 Fab Heavy Chain
D: SC-003 Fab Light Chain
H: SC-003 Fab Heavy Chain
L: SC-003 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,2876
ポリマ－203,2876
非ポリマー00
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13210 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area60870 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)167.030, 167.030, 116.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Dipeptidase 3


分子量: 53745.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPEP3, UNQ834/PRO1772
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q9H4B8, membrane dipeptidase
#2: 抗体 SC-003 Fab Heavy Chain


分子量: 24213.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 SC-003 Fab Light Chain


分子量: 23684.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 10% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→40.12 Å / Num. obs: 42049 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 10.2 % / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.84→2.89 Å / Num. unique obs: 2173 / Rpim(I) all: 0.356

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VGO

6vgo


解像度: 2.84→40.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.372
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2073 4.93 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.193 42033 96.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 197.24 Å2 / Biso mean: 80.94 Å2 / Biso min: 31.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.853 Å20 Å20 Å2
2---12.853 Å20 Å2
3---25.7059 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.84→40.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12070 0 0 202 12272
Biso mean---63.05 -
残基数----1562
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4188SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2088HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12338HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1598SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14278SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12338HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16768HARMONIC21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.55
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.86 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4085 46 5.47 %
Rwork0.2381 795 -
all0.247 841 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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