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- PDB-5xkj: Crystal structure of plant receptor ERL1-TMM in complexe with EPF2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xkj
タイトルCrystal structure of plant receptor ERL1-TMM in complexe with EPF2
要素
  • LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERL1
  • Protein EPIDERMAL PATTERNING FACTOR 2
  • Protein TOO MANY MOUTHS
キーワードTRANSFERASE/MEMBRANE PROTEIN/HORMONE / stomata development ER / family TMM / peptide hormone EPFs / TRANSFERASE-MEMBRANE PROTEIN-HORMONE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plant epidermis morphogenesis / negative regulation of stomatal complex development / guard cell differentiation / regulation of antifungal innate immune response / trichome morphogenesis / stomatal complex morphogenesis / stomatal complex formation / cellular response to abscisic acid stimulus / stomatal complex patterning / plant ovule development ...plant epidermis morphogenesis / negative regulation of stomatal complex development / guard cell differentiation / regulation of antifungal innate immune response / trichome morphogenesis / stomatal complex morphogenesis / stomatal complex formation / cellular response to abscisic acid stimulus / stomatal complex patterning / plant ovule development / embryo sac development / stomatal complex development / asymmetric cell division / response to abscisic acid / receptor serine/threonine kinase binding / defense response to fungus / peptide binding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / signaling receptor binding / innate immune response / protein serine kinase activity / protein kinase binding / extracellular region / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein / : / Epidermal patterning factor proteins / : / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich repeat / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein / : / Epidermal patterning factor proteins / : / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich repeat / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERL1 / Protein EPIDERMAL PATTERNING FACTOR 2 / Protein TOO MANY MOUTHS
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.475 Å
データ登録者Chai, J. / Lin, G.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31421001 中国
Ministry of Science and Technology (China)2015CB910200 中国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2017
タイトル: A receptor-like protein acts as a specificity switch for the regulation of stomatal development.
著者: Lin, G. / Zhang, L. / Han, Z. / Yang, X. / Liu, W. / Li, E. / Chang, J. / Qi, Y. / Shpak, E.D. / Chai, J.
履歴
登録2017年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Protein TOO MANY MOUTHS
E: Protein EPIDERMAL PATTERNING FACTOR 2
A: LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERL1
D: Protein TOO MANY MOUTHS
B: LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERL1
F: Protein EPIDERMAL PATTERNING FACTOR 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,1106
ポリマ－227,1106
非ポリマー00
水00
1
C: Protein TOO MANY MOUTHS
E: Protein EPIDERMAL PATTERNING FACTOR 2
A: LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5553
ポリマ－113,5553
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area35180 Å2
手法PISA
2
D: Protein TOO MANY MOUTHS
B: LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERL1
F: Protein EPIDERMAL PATTERNING FACTOR 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5553
ポリマ－113,5553
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area35350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.154, 65.601, 142.496
Angle α, β, γ (deg.)102.86, 97.60, 93.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Protein TOO MANY MOUTHS / Receptor-like protein 17 / AtRLP17


分子量: 47465.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TMM, RLP17, At1g80080, F18B13.16 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9SSD1
#2: タンパク質 Protein EPIDERMAL PATTERNING FACTOR 2


分子量: 5669.548 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: EPF2, At1g34245, F23M19 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8LC53
#3: タンパク質 LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERL1 / Protein ERECTA-like kinase 1


分子量: 60419.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ERL1, At5g62230, MMI9.14 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: C0LGW6, non-specific serine/threonine protein kinase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 mM Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→50 Å / Num. obs: 29462 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.4751→3.5993 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MN8

4mn8


解像度: 3.475→46.186 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 31.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 1415 5.04 %
Rwork0.2543 --
obs0.2555 28075 94.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.475→46.186 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14174 0 0 0 14174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00514444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8519628
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5948780
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4751-3.59930.30371200.29642336X-RAY DIFFRACTION83
3.5993-3.74330.31851550.27622652X-RAY DIFFRACTION96
3.7433-3.91360.32511380.2712712X-RAY DIFFRACTION95
3.9136-4.11980.28121540.25472693X-RAY DIFFRACTION95
4.1198-4.37780.2721480.23212687X-RAY DIFFRACTION95
4.3778-4.71550.27741260.23632731X-RAY DIFFRACTION96
4.7155-5.18940.27221230.22992715X-RAY DIFFRACTION97
5.1894-5.9390.32271510.27152755X-RAY DIFFRACTION97
5.939-7.47740.27891360.26992719X-RAY DIFFRACTION96
7.4774-46.19010.22231640.2462660X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -39.8 Å / Origin y: 3.0775 Å / Origin z: 94.4339 Å
111213212223313233
T0.3282 Å20.0094 Å2-0.0397 Å2-0.4599 Å2-0.0243 Å2--0.4787 Å2
L0.1451 °20.0835 °2-0.142 °2-0.1176 °2-0.165 °2--0.3947 °2
S0.0015 Å °0.0546 Å °0.0067 Å °0.0431 Å °0.0326 Å °0.0319 Å °-0.0266 Å °-0.0383 Å °-0.059 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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