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- PDB-2ajq: Structure of replicative DNA polymerase provides insigts into the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ajq
タイトルStructure of replicative DNA polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing
要素
  • DNA Primer
  • DNA Template
  • T7 DNA polymerase
  • thioredoxin 1
キーワードTRANSFERASE / TRANSCRIPTION/DNA / Polymerase T7 / x-ray crystallography / ternary complex / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA synthesis involved in DNA replication / DNA exonuclease activity / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / 3'-5' exonuclease activity / cell redox homeostasis / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair ...DNA synthesis involved in DNA replication / DNA exonuclease activity / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / 3'-5' exonuclease activity / cell redox homeostasis / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA polymerase T7 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / Thioredoxin / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain ...DNA-directed DNA polymerase T7 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / Thioredoxin / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Glutaredoxin / Glutaredoxin / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Thioredoxin-like superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-directed DNA polymerase / Thioredoxin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Brieba, L. / Ellenberger, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of replicative DNA polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing
著者: Brieba, L. / Ellenberger, T.
履歴
登録2005年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: DNA Primer
T: DNA Template
X: DNA Primer
Z: DNA Template
A: T7 DNA polymerase
B: thioredoxin 1
F: T7 DNA polymerase
I: thioredoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,3138
ポリマ－212,3138
非ポリマー00
水7,458414
1
P: DNA Primer
T: DNA Template
A: T7 DNA polymerase
B: thioredoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1564
ポリマ－106,1564
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
X: DNA Primer
Z: DNA Template
F: T7 DNA polymerase
I: thioredoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1564
ポリマ－106,1564
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.312, 169.235, 179.788
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 DNA Primer


分子量: 6739.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA Template


分子量: 8026.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 T7 DNA polymerase / E.C.2.7.7.7


分子量: 79703.578 Da / 分子数: 2 / Mutation: Residues 5 and 7 mutated to Ala / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
属: T7-like viruses
解説: Protein induced at an OD_600 of 0.5 by addition of 0.5 mM IPTG for 4 hours at 37C
遺伝子: 5 / プラスミド: pGP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLys S / 参照: UniProt: P00581, DNA-directed DNA polymerase
#4: タンパク質 thioredoxin 1 / TRX1 / TRX


分子量: 11687.388 Da / 分子数: 2 / Mutation: Residues 5 and 7 mutated to Ala / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
解説: Protein induced at an OD_600 of 0.5 by addition of 0.5 mM IPTG for 4 hours at 37C
遺伝子: trxA, fipA, tsnC / プラスミド: p-Trx / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLys S / 参照: UniProt: P0AA25
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: A complex of 1x10^-4 M T7 DNA polymerase 5A7A:thioredoxin was assembled with an equimolar amount of double stranded DNA substrate. Crystallization was achieved using a buffer containing 50mM ...詳細: A complex of 1x10^-4 M T7 DNA polymerase 5A7A:thioredoxin was assembled with an equimolar amount of double stranded DNA substrate. Crystallization was achieved using a buffer containing 50mM HEPES pH 7.5, 10mM MgCl_2, 2mM DTT, and 0.5 mM terminal ddTTP Seed crystals were grown by hanging drop vapor diffusion by mixing 1ul each of protein-DNA solution and a reservoir solutions containing between 16 to 20% PEG 8000, 100mM ACES pH 7.5, 120 ammonium sulfate, 30mM MgCl2, and 5mM DTT. These crystals were used to streak-seed a grid of protein/reservoir solutions with concentrations of PEG 8000 between 13 to 15%. Pyramidal crystals appeared overnight and reached a maximum size of ~150 X 150 X 100 um3 after 3 to 4 days. Crystals were harvested overnight in mother-liquor containing 10 % PEG 400, temperature 273K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES11
2MgCl211
3DTT11
4ddTTP11
5PEG 800011
6ACES11
7(NH4)2SO411
8HEPES12
9MgCl212
10DTT1
11ddTTP12
12PEG 800012
13ACES12
14(NH4)2SO412

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→45.97 Å / Num. all: 98459 / Num. obs: 76808 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル最高解像度: 2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
TRUNCATEデータ削減
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→45.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 4557696.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 3929 5 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.2331 78685 99.8 %-
all-78685 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.0629 Å2 / ksol: 0.315331 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 74.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.72 Å20 Å20 Å2
2---8.54 Å20 Å2
3---16.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12588 1789 0 414 14791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 621 4.8 %
Rwork0.305 12355 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna-tt.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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