[日本語] English
万見
- PDB-5vnx: Crystal structure of an 8-amino-7-oxononanoate synthase from Burk... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vnx
タイトルCrystal structure of an 8-amino-7-oxononanoate synthase from Burkholderia multivorans with a potential glycine-PLP-Lys242 cyclized intermediate or byproduct
要素8-amino-7-oxononanoate synthase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Burkholderia multivorans / 8-amino-7-oxononanoate synthase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


8-amino-7-oxononanoate synthase / 8-amino-7-oxononanoate synthase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
8-amino-7-oxononanoate synthase, Proteobacteria / 8-amino-7-oxononanoate synthase, Archaea/Proteobacteria type / : / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...8-amino-7-oxononanoate synthase, Proteobacteria / 8-amino-7-oxononanoate synthase, Archaea/Proteobacteria type / : / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / 8-amino-7-oxononanoate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia multivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a 8-amino-7-oxononanoate synthase from Burkholderia multivorans with a potential glycine-PLP-Lys242 cyclized intermediate or byproduct
著者: Conrady, D.G. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 8-amino-7-oxononanoate synthase
B: 8-amino-7-oxononanoate synthase
C: 8-amino-7-oxononanoate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,78019
ポリマ－124,3943
非ポリマー1,38516
水25,4551413
1
A: 8-amino-7-oxononanoate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9877
ポリマ－41,4651
非ポリマー5236
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 8-amino-7-oxononanoate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8295
ポリマ－41,4651
非ポリマー3644
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 8-amino-7-oxononanoate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9637
ポリマ－41,4651
非ポリマー4986
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.530, 262.090, 65.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-922-

HOH

21B-887-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...
21(chain B and ((resid 2 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 2 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNALAALA(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA2 - 122 - 12
12LEULEULEULEU(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA1414
13ALAALAALAALA(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA16 - 2616 - 26
14SERSERHISHIS(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA28 - 3328 - 33
15THRTHRGLYGLY(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA35 - 3835 - 38
16ARGARGARGARG(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA3939
17METMETALAALA(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA1 - 3931 - 393
18METMETALAALA(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA1 - 3931 - 393
19METMETALAALA(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA1 - 3931 - 393
110METMETALAALA(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA1 - 3931 - 393
21ASNASNASNASN(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB22
22ASNASNALAALA(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB2 - 3932 - 393
23ASNASNALAALA(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB2 - 3932 - 393
24ASNASNALAALA(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB2 - 3932 - 393
25ASNASNALAALA(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB2 - 3932 - 393
31ASNASNASNASN(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC22
32ASNASNALAALA(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC2 - 3932 - 393
33ASNASNALAALA(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC2 - 3932 - 393
34ASNASNALAALA(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC2 - 3932 - 393
35ASNASNALAALA(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC2 - 3932 - 393

-
要素

#1: タンパク質 8-amino-7-oxononanoate synthase / AONS / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / KAPA synthase / 8-amino-7-ketopelargonate synthase


分子量: 41464.793 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: bioF, Bmul_0373, BMULJ_02881 / プラスミド: BumuA.00096.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9AE46, 8-amino-7-oxononanoate synthase
#2: 化合物
ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: BumuA.00096.a.B1.PW37876 at 21.8mg/ml, mixed 1:1 with MCSG1 F10:, 0.1M Tris HCl pH 8.5, 2M Ammonium Sulfate, cryo protected with 25% EG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→44.383 Å / Num. obs: 182627 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.494 % / Biso Wilson estimate: 18.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 1368551 / Scaling rejects: 30
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.65-1.697.4720.5563.6210024913418134160.8970.598100
1.69-1.747.4830.4494.459762013047130460.9310.482100
1.74-1.797.4960.3615.519506612683126820.950.388100
1.79-1.847.5070.2787.079267012345123450.9720.299100
1.84-1.917.5160.2248.649007411985119850.9810.241100
1.91-1.977.530.17610.938756511629116290.9870.189100
1.97-2.057.5310.13513.778410211167111670.9920.145100
2.05-2.137.5370.11116.38087610731107310.9940.119100
2.13-2.227.540.09219.47838010395103950.9950.099100
2.22-2.337.5360.07922.1174777992299220.9970.085100
2.33-2.467.5390.07124.4270662937393730.9970.077100
2.46-2.617.5410.06526.2367476894989480.9970.07100
2.61-2.797.5360.05829.5763256839483940.9970.062100
2.79-3.017.5250.05332.159218787078690.9980.057100
3.01-3.37.5020.04836.0754353724572450.9980.051100
3.3-3.697.4710.04439.2148992655965580.9980.047100
3.69-4.267.4370.04241.5343385583658340.9980.045100
4.26-5.227.3730.04142.1136497495049500.9980.044100
5.22-7.387.2630.0441.3328390391039090.9980.044100
7.38-44.3836.7040.04141.9214943225722290.9970.04598.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2733精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5jay

5jay


解像度: 1.65→44.383 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1673 2011 1.1 %
Rwork0.1456 180604 -
obs0.1459 182615 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.42 Å2 / Biso mean: 23.5045 Å2 / Biso min: 9.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→44.383 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8646 0 92 1445 10183
Biso mean--49.6 35.56 -
残基数----1177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0119436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36512939
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081700
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0225632
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4378X-RAY DIFFRACTION2.486TORSIONAL
12B4378X-RAY DIFFRACTION2.486TORSIONAL
13C4378X-RAY DIFFRACTION2.486TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.65-1.69130.2241520.18571276912921
1.6913-1.7370.20021370.17811282412961
1.737-1.78810.19481440.17251277812922
1.7881-1.84580.20371400.16371276512905
1.8458-1.91180.20131520.15871283512987
1.9118-1.98830.15621260.15061285412980
1.9883-2.07880.17461380.14831281112949
2.0788-2.18840.18721460.14471284512991
2.1884-2.32550.17251510.14071285913010
2.3255-2.50510.1581420.14551291013052
2.5051-2.75710.16651340.1471292813062
2.7571-3.1560.17621570.15091295613113
3.156-3.97590.14451570.13041302713184
3.9759-44.39850.151350.13771344313578
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03260.4806-0.13213.7028-0.86231.9812-0.03370.01020.132-0.178-0.0098-0.0757-0.20890.43720.08380.1591-0.0621-0.01080.292-0.01530.159375.840354.027214.9878
21.04940.00650.3050.64940.60732.2097-0.0190.1195-0.1446-0.05290.0016-0.00270.25150.13780.00080.1570.02340.00550.09090.01730.132258.37330.418815.7847
30.2172-0.0699-0.03021.10590.1511.28140.00430.01710.0451-0.06670.00370.0647-0.0604-0.0344-0.00690.1127-0.008-0.00440.10790.01490.138847.097647.967525.481
40.5663-0.01770.11390.6984-0.03010.8989-0.0164-0.04910.04960.0790.0129-0.129-0.03890.2769-0.00070.11690.0008-0.00970.20810.00520.135570.035947.026430.5181
52.3731-0.633-1.47971.20641.37034.1372-0.00910.00890.0699-0.0674-0.11930.28310.2156-0.56070.13640.1865-0.0398-0.03860.25210.0030.231439.519432.75677.1869
60.89860.92021.36081.26170.92873.15380.1599-0.0006-0.11340.0008-0.0141-0.15010.41130.3528-0.14810.17780.06080.02580.17390.00480.136265.357529.79912.9619
70.2591-0.11090.36910.3331-0.22283.31530.0037-0.0314-0.02860.03220.0296-0.09090.0560.4745-0.04170.09870.00680.0010.22570.00390.160572.553143.69349.2376
82.2315-1.15990.6711.0098-0.53651.7353-0.1091-0.18230.06750.08760.1204-0.0288-0.27540.118-0.02710.1429-0.0243-0.01740.1455-0.02060.108461.308555.31412.3666
92.2473-1.18310.4551.7846-0.10692.4533-0.0819-0.13250.10050.13160.04750.0684-0.2783-0.04020.02770.17360.0061-0.00380.10020.00310.127350.67860.7668-3.2424
103.50021.6986-0.30095.50960.33732.5199-0.0160.17960.135-0.25270.0440.0516-0.14120.0329-0.03820.11380.021-0.01650.11780.01240.087355.315455.1922-12.3433
111.6033-0.9653-0.22363.116801.7949-0.01410.0036-0.01040.0159-0.006-0.0640.00660.18270.01770.1041-0.011-0.00090.1368-0.00670.087962.581747.9329-8.8863
121.09140.2710.36892.4335-0.11762.8626-0.0033-0.07320.07680.0919-0.0183-0.0424-0.11460.18580.03340.0846-0.00510.00010.1462-0.00450.108465.398351.33640.0509
130.65460.31541.3930.7344-0.04013.8155-0.0229-0.124-0.03260.0790.1262-0.08750.23040.3592-0.1440.0782-0.01430.00890.180.01860.150967.105341.15336.7898
144.0694-0.03471.21731.461-0.08612.09290.01490.133-0.0698-0.30050.02060.01790.25740.0678-0.05310.22290.0148-0.00520.1001-0.02070.093254.574831.5048-17.7008
152.62820.6363-1.83622.0119-1.51792.92760.04710.09060.1509-0.16560.09170.39150.1133-0.3455-0.13440.1844-0.0356-0.06080.1781-0.02240.18738.627234.6408-10.8713
162.9479-1.0492-0.62561.4176-0.12681.58930.03560.0357-0.0892-0.1650.02550.1960.1145-0.1682-0.04570.2094-0.0336-0.05130.11110.00270.133542.044931.0677-10.0119
171.47680.8130.58293.5967-0.21941.8046-0.00230.137-0.0257-0.50030.11550.19770.1888-0.2746-0.06510.2809-0.0321-0.00830.22310.02980.180726.08012.553411.3764
180.3544-0.0517-0.39741.4888-0.4571.0518-0.0678-0.071-0.01760.0916-0.0261-0.18670.02140.15190.10560.1017-0.0221-0.0370.15660.02360.180737.17695.346938.4934
192.8122-0.97870.93911.5385-0.63220.5843-0.0287-0.0715-0.31540.1080.1120.37150.0075-0.0916-0.07320.15170.00150.01920.13540.0230.240312.122112.059838.1125
202.72460.8316-2.83662.5208-0.04348.7175-0.03660.07250.1986-0.00220.09620.1267-0.3714-0.1043-0.08550.1120.0182-0.0450.08730.01250.193515.105423.440835.3193
211.3922-0.82750.07141.6281-0.26180.747-0.0575-0.0861-0.04390.15110.01220.0878-0.04790.0270.04140.1353-0.0207-0.01340.11360.00430.12226.341111.951340.5436
222.14270.73570.45882.05880.11091.9145-0.05880.28130.1373-0.2585-0.0330.1455-0.0115-0.09540.09520.1882-0.0326-0.02040.16550.04260.182227.980221.846813.7722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 42 )A1 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 97 )A43 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 98 through 264 )A98 - 264
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 265 through 393 )A265 - 393
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 42 )B2 - 42
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 43 through 69 )B43 - 69
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 70 through 97 )B70 - 97
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 98 through 133 )B98 - 133
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 134 through 179 )B134 - 179
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 180 through 201 )B180 - 201
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 202 through 227 )B202 - 227
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 228 through 264 )B228 - 264
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 265 through 291 )B265 - 291
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 292 through 314 )B292 - 314
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 315 through 347 )B315 - 347
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 348 through 393 )B348 - 393
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 2 through 42 )C2 - 42
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 43 through 97 )C43 - 97
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 98 through 179 )C98 - 179
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 180 through 201 )C180 - 201
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 202 through 291 )C202 - 291
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 292 through 393 )C292 - 393

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る