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Yorodumi- PDB-6t3v: Psychrophilic aromatic amino acids aminotransferase from Psychrob... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6t3v | ||||||
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Title | Psychrophilic aromatic amino acids aminotransferase from Psychrobacter sp. B6 cocrystalized with substrate analog - malic acid | ||||||
Components | AminotransferaseTransaminase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / psychrophilic / aminotranasferase / cold-adapted / enzyme / complex / malic acid / inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information Transferases; Transferring nitrogenous groups; Transaminases / amino acid metabolic process / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Psychrobacter sp. B6 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.62 Å | ||||||
Authors | Rutkiewicz, M. / Bujacz, A. / Rum, J. / Bujacz, G. | ||||||
Funding support | Poland, 1items
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Citation | Journal: Materials / Year: 2021 Title: Structural Evidence of Active Site Adaptability towards Different Sized Substrates of Aromatic Amino Acid Aminotransferase from Psychrobacter Sp. B6. Authors: Bujacz, A. / Rum, J. / Rutkiewicz, M. / Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Bujacz, G. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2015 Title: Crystal structure and enzymatic properties of a broad substrate-specificity psychrophilic aminotransferase from the Antarctic soil bacterium Psychrobacter sp. B6. Authors: Bujacz, A. / Rutkiewicz-Krotewicz, M. / Nowakowska-Sapota, K. / Turkiewicz, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6t3v.cif.gz | 197.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6t3v.ent.gz | 157.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6t3v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/6t3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/6t3v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6zupC 6zurC 6zvgC 4rkcS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44199.203 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Psychrobacter sp. B6 (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: C7E5X4, Transferases; Transferring nitrogenous groups; Transaminases |
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#2: Chemical | ChemComp-PLP / |
#3: Chemical | ChemComp-LMR / ( |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 2.1 M DL-malic acid pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.9184 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 26, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.62→50 Å / Num. obs: 72901 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 993205 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4RKC Resolution: 1.62→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.287 / SU ML: 0.036 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.063 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 120.3 Å2 / Biso mean: 37.709 Å2 / Biso min: 20.6 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.62→35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.62→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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