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万見
- PDB-6vek: Contact-dependent growth inhibition toxin-immunity protein comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vek
タイトルContact-dependent growth inhibition toxin-immunity protein complex from from E. coli 3006, full-length
要素
  • contact-dependent immunity protein CdiI
  • contact-dependent toxin CdiA
キーワードTOXIN / RNase / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes / UC4CDI / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性Uncharacterized protein / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli 3006 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacement-SAD / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Michalska, K. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Hayes, C.S. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes (UC4CDI) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102318 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115586 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Contact-dependent growth inhibition toxin-immunity protein complex from from E. coli 3006, full-length
著者: Michalska, K. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Hayes, C.S. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI ...著者: Michalska, K. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Hayes, C.S. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes (UC4CDI)
履歴
登録2020年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.22021年8月18日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_database_related
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: contact-dependent toxin CdiA
I: contact-dependent immunity protein CdiI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8312
ポリマ－55,8312
非ポリマー00
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area22310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.000, 71.769, 175.538
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 contact-dependent toxin CdiA / Contact-dependent inhibitor A


分子量: 36610.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 3006 (大腸菌) / プラスミド: pMCSG58 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4T7DH52
#2: タンパク質 contact-dependent immunity protein CdiI


分子量: 19220.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 3006 (大腸菌) / 遺伝子: BTQ06_14240 / プラスミド: pMCSG58 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2A2C800
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% GLYCEROL ETHOXYLATE, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M, MES PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 25933 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 25.4 % / Biso Wilson estimate: 47.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 17.2 % / Rmerge(I) obs: 1.242 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 1274 / CC1/2: 0.635 / CC star: 0.881 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2947精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: molecular replacement-SAD
開始モデル: 6CP8

6cp8


解像度: 2.25→29.256 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 1652 6.5 %
Rwork0.1819 --
obs0.1852 25415 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 169.51 Å2 / Biso mean: 65.0312 Å2 / Biso min: 22.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→29.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3656 0 0 109 3765
Biso mean---51.3 -
残基数----474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073735
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7865046
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9092301
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005663
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.25-2.31620.35041470.26871937100
2.3162-2.39090.25751310.23311950100
2.3909-2.47630.30571270.21061943100
2.4763-2.57540.26881320.20811975100
2.5754-2.69260.28811310.21431936100
2.6926-2.83440.28621420.21261949100
2.8344-3.01180.29411510.21051958100
3.0118-3.24410.27041250.21611982100
3.2441-3.570.26751450.19071974100
3.57-4.08540.191460.16322004100
4.0854-5.14270.2181270.15132052100
5.1427-29.2560.18491480.1605210399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0123-1.19660.15843.4996-0.02980.86310.06880.23850.0386-0.2131-0.09710.20440.0529-0.03530.01440.32970.00650.03980.33710.02080.3232-5.16196.1296-6.3013
22.05221.6734-0.40134.3669-2.15533.52490.1201-0.26570.14240.1269-0.10690.1039-0.0947-0.11470.01010.2450.02570.01910.2934-0.06430.3203-0.8927-7.55237.3967
31.5023-0.3413-0.30732.47832.19414.6648-0.0789-0.66340.07480.0420.0723-0.1154-0.15910.29320.03230.3827-0.0501-0.03510.61490.0470.3626-1.782-8.146527.3235
41.4226-0.4398-0.82270.13690.17223.2863-0.06580.0441-0.0311-0.1141-0.53291.2260.4133-1.70970.42710.6571-0.1009-0.16321.3105-0.52291.208-18.4662-3.806628.3422
58.79712.87810.93791.1279-0.84737.2412-0.21710.481-2.02790.2488-0.67181.49510.6762-1.84680.86060.6519-0.24420.00731.2622-0.43271.1949-18.7819-5.837739.881
63.7853-3.3924-1.47317.38364.55998.7257-0.5705-1.0006-0.17571.24630.39240.37570.91220.0210.20480.6714-0.05570.04950.9776-0.02680.5099-4.2964-1.899949.1038
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 128 )A2 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 129 through 216 )A129 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 217 through 336 )A217 - 336
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'I' and (resid 6 through 45 )I6 - 45
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'I' and (resid 46 through 66 )I46 - 66
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'I' and (resid 67 through 158 )I67 - 158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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