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- PDB-6veh: Computationally designed C3-symmetric homotrimer from HEAT repeat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6veh
タイトルComputationally designed C3-symmetric homotrimer from HEAT repeat protein
要素HEAT repeat domain-containing protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / designed protein / vaccine
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Bick, M.J. / Ueda, G. / Baker, D.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM124169 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD018483 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Tailored design of protein nanoparticle scaffolds for multivalent presentation of viral glycoprotein antigens.
著者: George Ueda / Aleksandar Antanasijevic / Jorge A Fallas / William Sheffler / Jeffrey Copps / Daniel Ellis / Geoffrey B Hutchinson / Adam Moyer / Anila Yasmeen / Yaroslav Tsybovsky / Young-Jun ...著者: George Ueda / Aleksandar Antanasijevic / Jorge A Fallas / William Sheffler / Jeffrey Copps / Daniel Ellis / Geoffrey B Hutchinson / Adam Moyer / Anila Yasmeen / Yaroslav Tsybovsky / Young-Jun Park / Matthew J Bick / Banumathi Sankaran / Rebecca A Gillespie / Philip Jm Brouwer / Peter H Zwart / David Veesler / Masaru Kanekiyo / Barney S Graham / Rogier W Sanders / John P Moore / Per Johan Klasse / Andrew B Ward / Neil P King / David Baker /
要旨: Multivalent presentation of viral glycoproteins can substantially increase the elicitation of antigen-specific antibodies. To enable a new generation of anti-viral vaccines, we designed self- ...Multivalent presentation of viral glycoproteins can substantially increase the elicitation of antigen-specific antibodies. To enable a new generation of anti-viral vaccines, we designed self-assembling protein nanoparticles with geometries tailored to present the ectodomains of influenza, HIV, and RSV viral glycoprotein trimers. We first designed trimers tailored for antigen fusion, featuring N-terminal helices positioned to match the C termini of the viral glycoproteins. Trimers that experimentally adopted their designed configurations were incorporated as components of tetrahedral, octahedral, and icosahedral nanoparticles, which were characterized by cryo-electron microscopy and assessed for their ability to present viral glycoproteins. Electron microscopy and antibody binding experiments demonstrated that the designed nanoparticles presented antigenically intact prefusion HIV-1 Env, influenza hemagglutinin, and RSV F trimers in the predicted geometries. This work demonstrates that antigen-displaying protein nanoparticles can be designed from scratch, and provides a systematic way to investigate the influence of antigen presentation geometry on the immune response to vaccination.
履歴
登録2020年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEAT repeat domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0221
ポリマ－21,0221
非ポリマー00
水45025
1
A: HEAT repeat domain-containing protein

A: HEAT repeat domain-containing protein

A: HEAT repeat domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0673
ポリマ－63,0673
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area22780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.182, 88.182, 65.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 HEAT repeat domain-containing protein


分子量: 21022.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1mM DL-glutamic acid monohydrate, 100mM DL-alanine, 100mM glycine, 100mM DL-lysine monohydrochloride, 100mM DL-serine, 100mM Tris (base), 100mM BICINE, 20% (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, pH8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 8361 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 40.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 0.944 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 46905
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.3451.1983880.6190.5981.3410.714100
2.34-2.385.20.9484540.5860.4581.0530.673100
2.38-2.435.40.8454100.6530.40.9350.759100
2.43-2.485.60.8354230.780.3890.9210.715100
2.48-2.535.50.6174030.8050.290.6831.248100
2.53-2.595.70.6744240.7930.3120.7430.769100
2.59-2.665.70.5464180.8780.2530.6030.86100
2.66-2.735.70.4114120.9040.190.4530.95100
2.73-2.815.70.384300.9160.1750.4181.023100
2.81-2.95.70.2994270.9520.1380.331.003100
2.9-35.70.2793860.950.1280.3070.958100
3-3.125.70.2554310.9510.1170.281.03100
3.12-3.265.70.2284280.9650.1060.2511.004100
3.26-3.445.60.1524080.9730.070.1670.968100
3.44-3.655.70.144350.9870.0640.1540.985100
3.65-3.935.70.1244170.9840.0570.1371.005100
3.93-4.335.60.0884090.9930.0410.0970.993100
4.33-4.965.50.0674230.9950.0320.0741.059100
4.96-6.245.90.0594160.9970.0270.0651.039100
6.24-1005.80.0334190.9990.0150.0361.07799.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000714nデータ削減
HKL-2000714nデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIXdev_3112精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Computational design model

解像度: 2.303→44.091 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 25.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 756 9.88 %
Rwork0.2021 --
obs0.2045 7654 91.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.21 Å2 / Biso mean: 53.4257 Å2 / Biso min: 26.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.303→44.091 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1249 0 0 25 1274
Biso mean---50.8 -
残基数----180
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3035-2.48130.271280.2417121080
2.4813-2.7310.30521510.2316132189
2.731-3.12610.24671540.2119142994
3.1261-3.93820.20641570.1929144795
3.9382-44.0910.20851660.1919149199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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