PDB-1mrl: Crystal structure of streptogramin A acetyltransferase with dalfo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mrl

タイトル

Crystal structure of streptogramin A acetyltransferase with dalfopristin

要素

Streptogramin A acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / left-handed parallel beta-helix domain

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Kehoe, L.E. / Snidwongse, J. / Courvalin, P. / Rafferty, J.B. / Murray, I.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis of Synercid (Quinupristin-Dalfopristin) Resistance in Gram-positive Bacterial Pathogens
著者: Kehoe, L.E. / Snidwongse, J. / Courvalin, P. / Rafferty, J.B. / Murray, I.A.

履歴

登録	2002年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mrl.cif.gz	117.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mrl.ent.gz	90.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mrl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/1mrl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/1mrl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mr7SC 1mr9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1kk6-d 1mr7-1 1kk5-2 1vhc-1 1vhc-2 1khr-1 6x3j-2 3dho-2 3hi4-2 6v61-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Streptogramin A acetyltransferase

B: Streptogramin A acetyltransferase

C: Streptogramin A acetyltransferase

ヘテロ分子

73.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.914, 90.905, 104.529
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 204 / Label seq-ID: 1 - 204

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

詳細

Biological trimer

#1: タンパク質	Streptogramin A acetyltransferase 分子量: 23675.326 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 参照: UniProt: P50870, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-DOL / 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE / DALFOPRISTIN / ダルホプリスチン分子量: 690.847 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₅₀N₄O₉S / コメント: 抗生剤*YM

#1: タンパク質

Streptogramin A acetyltransferase

分子量: 23675.326 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus faecium (バクテリア)
プラスミド: pUC18 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101
参照: UniProt: P50870, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

#2: 化合物

ChemComp-DOL / 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE / DALFOPRISTIN / ダルホプリスチン

分子量: 690.847 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₅₀N₄O₉S / コメント: 抗生剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.68 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Sodium Fluoride, 20% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	0.25 mM	enzyme	1	drop
2	1.5 mM	dalfopristin	1	drop
3	0.2 M	sodium fluoride	1	reservoir
4	20 %(w/v)	PEG3350	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月11日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 20118 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 40 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / R_merge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 3.6
反射	PLUS 最高解像度: 2.8 Å / % possible obs: 99.7 % / Num. measured all*: 222509
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2.8 Å / % possible obs*: 99.2 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MR7

1mr7

解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.871 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / SU ML: 0.34 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.844 / ESU R Free: 0.442 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30379	1009	5.1 %	RANDOM
R_work	0.27063	-	-	-
all	0.2723	-	-	-
obs	0.2723	18853	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4744	0	144	0	4888

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.022	5047
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.597	1.979	6908
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.287	3	625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.407	15	860
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	748
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3901
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.254	0.3	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.393	0.3	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.433	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1543 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: medium positional / Weight position: 0.5

Dom-ID	Auth asym-ID	Rms dev position (Å)
1	A	0.36
2	B	0.34
3	C	0.41

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.383	76
R_work	0.308	1329

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8975	-2.1922	0.2222	4.7596	-0.5606	2.1421	-0.4449	-0.7046	0.076	0.8252	0.5413	-0.0866	-0.0362	0.244	-0.0964	0.2382	0.1151	0.0121	0.3488	-0.0243	0.1221	27.7501	33.4643	65.5537
2	1.4222	-1.5213	-0.3625	2.9532	0.9158	2.9608	0.1731	0.1968	0.1998	-0.3552	-0.0968	-0.0788	-0.43	0.0593	-0.0762	0.1485	0.0039	0.0391	0.0854	0.0616	0.1497	20.5968	46.1507	36.8565
3	1.839	-1.1284	0.0393	2.3995	0.4035	4.2921	0.0121	0.0638	-0.2287	-0.1546	-0.0204	-0.0649	0.3793	0.3253	0.0083	0.1107	0.0976	0.0161	0.0862	0.0086	0.2021	33.5787	16.7767	38.4944

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 204	1 - 204
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 204	1 - 204
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 204	1 - 204

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.303 / R_factor R_work: 0.272

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.003
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.6

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)