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万見
- PDB-6vag: Crystal structure of the oligomerization domain of phosphoprotein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vag
タイトルCrystal structure of the oligomerization domain of phosphoprotein from parainfluenza virus 5
要素Phosphoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Paramyxovirus / Phosphoprotein / Oligomerization domain
機能・相同性Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Phosphoprotein
機能・相同性情報
生物種Parainfluenza virus 5 (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Aggarwal, M. / Abdella, R. / He, Y. / Lamb, R.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Structure of a paramyxovirus polymerase complex reveals a unique methyltransferase-CTD conformation.
著者: Ryan Abdella / Megha Aggarwal / Takashi Okura / Robert A Lamb / Yuan He /
要旨: Paramyxoviruses are enveloped, nonsegmented, negative-strand RNA viruses that cause a wide spectrum of human and animal diseases. The viral genome, packaged by the nucleoprotein (N), serves as a ...Paramyxoviruses are enveloped, nonsegmented, negative-strand RNA viruses that cause a wide spectrum of human and animal diseases. The viral genome, packaged by the nucleoprotein (N), serves as a template for the polymerase complex, composed of the large protein (L) and the homo-tetrameric phosphoprotein (P). The ∼250-kDa L possesses all enzymatic activities necessary for its function but requires P in vivo. Structural information is available for individual P domains from different paramyxoviruses, but how P interacts with L and how that affects the activity of L is largely unknown due to the lack of high-resolution structures of this complex in this viral family. In this study we determined the structure of the L-P complex from parainfluenza virus 5 (PIV5) at 4.3-Å resolution using cryoelectron microscopy, as well as the oligomerization domain (OD) of P at 1.4-Å resolution using X-ray crystallography. P-OD associates with the RNA-dependent RNA polymerase domain of L and protrudes away from it, while the X domain of one chain of P is bound near the L nucleotide entry site. The methyltransferase (MTase) domain and the C-terminal domain (CTD) of L adopt a unique conformation, positioning the MTase active site immediately above the poly-ribonucleotidyltransferase domain and near the likely exit site for the product RNA 5' end. Our study reveals a potential mechanism that mononegavirus polymerases may employ to switch between transcription and genome replication. This knowledge will assist in the design and development of antivirals against paramyxoviruses.
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoprotein
B: Phosphoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5395
ポリマ－23,2632
非ポリマー2763
水1,838102
1
A: Phosphoprotein
B: Phosphoprotein
ヘテロ分子

A: Phosphoprotein
B: Phosphoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,07810
ポリマ－46,5254
非ポリマー5536
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area14640 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area14280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.893, 36.048, 140.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-437-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphoprotein / Protein P


分子量: 11631.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parainfluenza virus 5 (strain W3) (ウイルス)
株: W3 / 遺伝子: P/V / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P11208
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MIB buffer (malonic acid, imidazone, boric acid), pH 6.0 and 25% w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 28002 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 14.73 Å2 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 38.12
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 1239 / CC1/2: 0.774 / CC star: 0.934

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
AMPLE位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ideal helices

解像度: 1.4→23.34 Å / SU ML: 0.1307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.5125
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1797 1360 4.86 %
Rwork0.1546 26610 -
obs0.1559 27970 90.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→23.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1104 0 18 102 1224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00491167
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69251582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0498203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0029205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8396720
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.450.24881150.19532297X-RAY DIFFRACTION79.71
1.45-1.510.22111340.15862329X-RAY DIFFRACTION80.99
1.51-1.580.18521310.14122367X-RAY DIFFRACTION82.72
1.58-1.660.18421270.12732462X-RAY DIFFRACTION85.02
1.66-1.760.16461090.12482577X-RAY DIFFRACTION89.12
1.76-1.90.16861260.12932721X-RAY DIFFRACTION92.62
1.9-2.090.15841400.13582831X-RAY DIFFRACTION97.41
2.09-2.390.16291560.12692923X-RAY DIFFRACTION99.42
2.39-3.020.16241580.15682992X-RAY DIFFRACTION99.78
3.02-23.340.19781640.18253111X-RAY DIFFRACTION98.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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